Коли розійшлася звістка про унію, православна громада вибухнула від обурення. На сеймиках воєводств Волинського, Київського Брацлавського, Руського шляхта доручила депутатам заявити протест проти самовільного вчинку владик, які не мали уповноважені та згоди на прийняття унії. Внаслідок прохань православних, виїхав до Литви протосинкел Царгородського патріарха Никифор. На 6 жовтня 1596 року був призначений Собор у Бересті. Никифор запросив на нього Кирила Люкаріса, протосинкела Александрійського патріарха, кількох грецьких єпископів, митрополита Білгородського. З руськими владиками, з яких не прибуло лише двоє, з'явились католицькі єпископи: Львівський - Осніковський, Луцький - Мацейовський та Холмський - Гомолицький, четверо видніших єзуїтських проповідників; крім того воєводи: Троцький - Микола Радзівілл-Сирітка, канцлер Сапіга, Берестейський староста Халецький.
На боці православних були: два єпископи - Гедеон Львівський та Михаїл Перемиський, які розірвали з унією, протосинкели Царгородський та Александрійський, Сербський митрополит Лука, архімандрити, ігумени, понад 200 осіб білого духовенства; воєводи: Київський - князь Василь-Костянтин Острозький, Волинський – князь Олександр Острозький, каштелян Новгородський – Полубенський, депутати шляхти воєводств: Київського –3, Руського –3, Перемиської землі –2, воєводства Волинського –10, Брацлавського –2, Пінського повіту – 1, трибуналу Литовського –2, багато без мандатів шляхти, міщан. Князь Острозький привіз з собою військо, що охороняло будинок Райського, де засідав Православний Собор. Прихильники унії зібралися в церкві св.Миколая. Православні засідали за грецьким звичаєм: миряни та духовні окремо. Три прохання Православного Собору до владик – насамперед до митрополита Михаїла Рогози прибути на Собор – залишилися без відповіді. Справа була тяжка: об'єднати ці дві частини Собору було неможливо – насамперед через участь протосинкела Никифора та інших греків, яких король наказав арештувати і яких охороняв князь В-К. Острозький. Не погодилися приєднатися й православні до католицької частини Собору, не зважаючи на намовляння королівських послів. Так постало два Собори.
9-го жовтня 1596 року Никифор з хрестом і Євангеліє в руках проголосив, як екзарх патріарха, декрет, яким позбавляв митрополита Михаїла Рогозу та п'ять єпископів – Володимирського, Луцького, Полоцького, Холмського та Пінського – їх сану за самовільне піддання Папі. Цей декрет підписали духовні члени Собору і надіслали митрополитові Рогозі. Світська частина Собору звернулася до короля з проханням позбавити владик-уніатів церковних «добр», якими володіти могли тільки православні. Уніатський Собор проголосив публічно унію, а на владик Гедеона Балабана та Михаїла Копистенського і все духовенство, що брало участь у Православному Соборі, кинув клятьбу. На проголошення унії Православний Собор відповів протестом, бо, мовляв, вчинили це без відома православних, кілька владик. Але гродські суди, крім Володимирського, відмовилися вписувати протестацію. Акти переслано до патріархату, і патріарх Мелетій Пігас затвердив усі постанови Собору. Управління Церквою, до обрання нових єпископів, він доручив екзархам: Гедеонові Балабанові, протосинкелові Кирилові Люкарісові та князеві В-К. Острозькому. Король затвердив ухвали Уніатського Собору, а ухвали Православного визнав неправильними.
Незважаючи на протести та погрози, православній стороні не вдалося змусити їх відступити або домогтися того, щоб король позбавив їх посад. Так руське суспільство розкололося навпіл. Те, що почалося як спроба об'єднати християнські церкви, закінчилося їхнім подальшим роздрібненням, бо тепер замість двох існувало три церкви: католицька, православна та уніатська. або греко-католицька. як її згодом стали називати.
