На території СРСР розгорається ряд міжнаціональних конфліктів. Першим проявом напруженості в період Перебудови стали події в Казахстані. 16 грудня 1986 року в Алма-Аті відбулася демонстрація протесту після того, як вранці того ж дня, Пленум ЦК Компартії Казахстану відправив на пенсію багаторічного партійного лідера республіки Дінмухамеда Кунаєва і «одноголосно обрав» на його місце — Геннадія Колбіна, який працював до цього першим секретарем Ульяновського обкому КПРС. Демонстрація була придушена внутрішніми військами. Ці події відомі в Казахстані як «Желтоксан». Пізніше, грудневі виступи стали офіційно оцінюватися в Казахстані як подія, «що стало початком розпаду тоталітарної системи». Учасники цих подій були повністю реабілітовані, постраждалим в ході придушення заворушень була надана певна соціальна допомога. Деяким з них надано житло. У червні 1989 року спалахнули міжетнічні зіткнення в Новому Узені між казахами і вихідцями з Кавказу, для придушення яких були задіяні бронетранспортери, танки, бойові вертольоти та інша військова техніка. 15 й 16 липня в Сухумі відбулися зіткнення між грузинами і абхазами.
Найбільшою гостротою вирізнявся карабаський конфлікт, який розгорівся в 1988 році. Відбулись взаємні етнічні чистки, що привело до втечі вірмен з Азербайджану і азербайджанців з курдами-мусульманами з Вірменії. У 1989 році Верховна Рада Вірменської РСР оголошує про приєднання Нагірного Карабаху. Влітку того ж року Вірменська РСР вводить блокаду Нахічеванської АРСР, а Народний Фронт Азербайджану як відповідь оголошує економічну блокаду всієї Вірменії. У квітні 1991 року між двома радянськими республіками фактично починається війна.
Відбуваються заворушення в Ферганській долині, де змішано проживають кілька народів. В кінці травня 1989 року в Ферганській області Узбецької РСР загострилися відносини між узбеками і турками-месхетинцями. У червні того ж року там зафіксовано погроми і вбивства турків-месхетинців, що стало причиною масової евакуації турків-месхетинців з республіки.
У перших числах травня 1990 року, в узбецькому Андижані проходять погроми, ініційовані групою радикальних футбольних фанатів після незапланованого скасування матчу між командами «Спартак» (Андижан) і «Пахтакор» (Ташкент). Були розграбовані, зруйновані і спалені квартири і будинки «багатих бухарських євреїв і багатих вірмен», знищений павільйон з продажу прохолодних напоїв і майстерня по ремонту взуття. За медичною допомогою звернулися 44 людини, 13 були госпіталізовані, двоє перебували в тяжкому стані.Через місяць на території Киргизької РСР вибухнули міжетнічні зіткнення, відомі як «Ошська різанина» (1990).13—20 січня 1990 року в місті Баку, пройшли заворушення, що супроводжувалися масовим насильством щодо вірменського населення, — грабунками, вбивствами, підпалами і знищенням майна.Силою зупинити сутички було неможливо, а конфлікти показали, наскільки піздецовий стан був у республіках, які кормили центр собі в збитки. Почався процес виходу союзних республік. 1988-89 виходять литва, латвія та естонія. Потім грузини в 1991 і так далі. В 1990 повиходили созні автономні республіки типу чувашім, сохи, удмуртів, чукотки, бурятів і інших унтерменшен.
