В кінці 80-х рр. в політичному житті країни виникло украй небезпечне явище — різко загострилися міжнаціональні відносини. Довгі роки люди різних національностей жили поряд, разом трудилися, дружили, укладали змішані шлюби, хоча побутовий націоналізм, звичайно, зберігався в масовій свідомості. Політика влади, особливо по таких питаннях, як прийом на роботу і у Вузи, підбір керівних кадрів, нерідко провокувала національні образи. Але офіційно проголошувалися пролетарський інтернаціоналізм і братерство всіх народів Радянського Союзу. Тому жорстокі зіткнення на національному грунті з'явилися несподіванкою як для більшості населення, так і для самих властей. У травні 1986 р. в Якутську понад 600 чоловік провели демонстрацію під
гаслами «Якутія — для якутів», що супроводжувалася масовими бійками між російською і якутською молоддю.У грудні 1986 р. відставка першого секретаря ЦК Казахстана д.А. Кунаєва і заміна його на цьому посту російським Г.В. Колбіним викликала націоналістичний спалах в Алма-Аті. Для придушення безладів були застосовані війська. Натовп пустив в хід камені і залізні лозини. Три людини загинули, більше 1200 (в т.ч. понад 700 міліціонерів і військовослужбовців) звернулися за допомогою до лікарів. З середини 1987 р. широкого розмаху пнабули рухи німців і кримських татар, що добивалися повернення на історичну батьківщину і відновлення знищених Сталіном в 1941 і 1944 рр. автономій. Найсерйозніший міжнаціональний конфлікт вибухнув в Закавказзі. У Нагорно-карабахской автономній області Азербайджану, населеній переважно вірменами, почалися хвилювання. Учасники мітингів вимагали передачі області до складу Вірменії. У лютому 1988 р. обласна Рада Нагірного Карабаху поводилася з відповідним проханням до Верховних Рад Вірменії і Азербайджану. 27 лютого в азербайджанському місті Сумгаїте при потуранні місцевих властей відбувся вірменський погром. За офіційними даними, загинули 32 людини, більше 100 було поранено. Безчинства супроводжувалися грабежами, підпалами, згвалтуваннями і знущаннями.Після цього Верховна Рада Вірменії погодилася прийняти Нагорно-карабахську область до складу Вірменії, а Верховна Рада Азербайджану категорично відкинула такий замах на територіальну цілісність республіки. Конфлікт між вірменами і азербайджанцями продовжував розростатися.Союзне керівництво зайняло нерішучу позицію. Сумгаїтські погроми фактично пройшли без відповідальності. Верховна Рада СРСР в березні 1988 р. прийняла ухвалу про неприпустимість перегляду закріплених в Конституції СРСР адміністративних меж. Восени були арештовані керівники вірменського Народного фронту (у травні 1989 р. вони вийшли на свободу). Таким чином, центр фактично підтримав азербайджанську сторону. Ймовірно, це пояснювалося побоюванням, що передача Нагірного Карабаху Вірменії викличе ланцюгову реакцію перегляду меж. Поступово ускладнилося також положення в Прибалтиці. Місцеве населення вимагало опублікувати секретні протоколи до пакту між СРСР і гітлерівською Німеччиною 23 серпня 1939 р. Все частіше приєднання Литви, Латвії і Естонії до Радянського Союзу в 1940 р. іменували окупацією. У Литві в червні 1988 р. виник рух «Саюдіс», услід за тим склалися Народні фронти Латвії і Естонії. У всіх республіках Прибалтики місцеві мови були проголошені державними. Російськомовні жителі Прибалтики, в масі своїй що не знали місцевих мов, сприйняли це як дискримінацію. Осінню 1988 р. з'їзд «Саюдіса» прийняв резолюцію, згідно якої «суверенітет Литовської РСР повинен охоплювати управління всіма сферами народного господарства, економіку, політику, формування бюджету, фінансову, кредитну, торгову, податкову і митну політику». Верховна Рада Естонської РСР проголосила своє право припиняти закони Союзу РСР на території Естонії. Верховна Рада СРСР оголосила цю ухвалу незаконною. Навіть у слов'янських республіках — Україні і Білорусії — виникли націоналістичні настрої. Особливо гостро стояла проблема витіснення національних мов російською і, відповідно, небезпеки загибелі національної культури. У свою чергу, в Росії склалося суспільство «Пам'ять», що відкрито проголошувало гасла шовіністів і антисемітських.
