Великая Отечественная война внесла ряд корректив в тот внутриполитический курс, который проводился сталинским руководством в 30-е гг. В то же время сама природа сталинского режима в период войны принципиально не изменилась. Во главе иерархической лестницы по-прежнему стоял И.В. Сталин, полномочия которого были еще более увеличены. Сохранив за собой пост генерального секретаря, накануне войны он стал главой правительства. В самом начале войны И.В. Сталин получил посты наркома обороны, Верховного главнокомандующего и возглавил чрезвычайные органы государственной власти: Государственный комитет обороны и ставку Верховного главнокомандования. Через своих личных представителей И.В. Сталин сконцентрировал в своих руках всю политическую, экономическую, дипломатическую и военную власть.В условиях военного времени продолжали активно действовать репрессивные органы. В начале 1941 г. НКВД был разделен на два наркомата - внутренних дел во главе с Л.П. Берия и государственной безопасности во главе с В.Н. Меркуловым. В начале войны они слились в единый НКВД, но в 1943 г. функции органов внутренних дел и государственной безопасности вновь были разделены. Действовала система ГУЛАГа и лишь незначительная часть заключенных около 600 тыс. человек в составе штрафных батальонов могла участвовать в военных действиях. Органы внутренних дел контролировали всю личную жизнь граждан. В самом начале войны все советские люди сдали имеющиеся в их распоряжении радиоприемники. По указу Верховного Совета за распространение ложных слухов людей могли посадить на срок от 2 до 5 лет. НКВД занимался охраной порядка в городах, активно действовал в прифронтовой зоне, создавал "особые отделы" в армии.Осенью 1941 г. были расстреляны некоторые видные советские военачальники: Г.М. Штерн, П.В. Рычагов, А.Д. Локтионов, Я.В. Смушкевич, Ф.К. Арженухин, Г.К. Савченко, И.Ф. Сакриер и др. Среди расстрелянных были партийный деятель Ф.И. Голощекин, участник расстрела царской семьи в Екатеринбурге, М.А. Спиридонова, лидер левых эсеров, участница выступлений этой партии против большевиков в июле 1918 г., М.П. Нестеренко, военная летчица и т. д. По чистой случайности избегли казни люди, внесшие огромный вклад в достижение общей победы над врагом: Б.Л. Ванников, ставший после освобождения наркомом боеприпасов, К.К. Рокоссовский, К.А. Мерецков, будущие Маршалы Советского Союза, С.П. Королев, создатель советских космических кораблей, и др.
Репрессии в годы войны коснулись целых народов. Под надуманными предлогами срывались с насиженных мест и переселялись на новые территории немцы, калмыки, крымские татары, чеченцы, другие народы СССР. В тяжелых условиях военного времени многие из них погибли в пути и в непривычных условиях обитания.
В условиях военного времени мощным средством воздействия на советских людей продолжала оставаться идеологическая работа. Однако ее содержание было существенно изменено и нацелено на возрождение у советских людей чувства патриотизма. В период войны мощнейшим средством пропаганды стало преклонение перед "героическим обликом наших далеких предков". Советская пропаганда заговорила об Отечественной войне, которую вел советский человек против фашистской Германии, вспомнила имена Александра Невского, Дмитрия Донского, Суворова, Кутузова, Нахимова и многих других русских полководцев. В их честь учреждались новые советские ордена и ими награждались за подвиги, совершенные уже в ходе Великой Отечественной войны.
Стал пропагандироваться опыт военного искусства и полководческого мастерства, накопленный многими поколениями русских людей в борьбе с немецкими, татаро-монгольскими, шведскими, польскими, французскими и другими иноземными захватчиками: в частности опыт народных ополчений и партизанского движения. Проводились параллели между Отечественной войной 1812 г. и Великой Отечественной войной, писалось о преемственности традиций русской и советской армий. Для того чтобы это подчеркнуть, были использованы некоторые внешние атрибуты русской армии: возвратились звания, погоны, кадетские корпуса ("суворовские" и "нахимовские" училища) и т. д.
Для того привлечь на свою сторону народ, правительство решили использовать такую национальную ценность русского народа, как православную церковь, чтобы поставить ее мощное идеологическое воздействие на массы на службу Советскому государству в целях достижения победы над врагом.
В сентябре 1943 г. состоялась историческая встреча Сталина и руководства Русской православной церкви. На ней были решены такие насущные для церкви проблемы, как созыв Архиерейского собора для выбора патриарха, создание Священного синода, открытие богословских академий и семинарий, издание религиозной литературы, организация свечных заводов и других производств и др. Для связи правительства с церковью был создан специальный государственный аппарат - Совет по делам Русской православной церкви. Впоследствии были урегулированы отношения государства с другими религиозными конфессиями. Показательным является и то, что в постановлении ЦК ВКП(б) от 27 сентября 1944 г. "Об организации научно-просветительской пропаганды" впервые не были определены задачи научно-атеистической работы.
Интеллигенцию попытались привлечь на свою сторону путем расширения приема в Коммунистическую партию, что создавало видимость укрепления связи партии и народа. В результате этих мер было достигнуто морально-политическое единство советского общества, что являлось в то время не просто идеологическим штампом, а средством укрепления общества в целях достижения общей цели.
Появление новых моментов во внутренней политике было рассчитано и на международное общественное мнение. Сталинский режим пытался создать впечатление, особенно на начальном, особенно трудном для него этапе войны, что он способен к движению в сторону западных демократий. Уступка религии, и не только православной, делалась также и под давлением США, которые настаивали в случае предоставления помощи на осуществлении свободы совести в СССР. Кроме того, учитывалось заигрывание с религией германских властей на временно оккупированных советских территориях, что было одной из сторон "нового порядка".
