В 1687 была образована Славяно-греко-латинская академия. 21 июля 1687 в Париж прибыло первое русское посольство.
Були зроблені деякі поступки міському посаду, послаблено міри по розшуку селян-втікачів. В 1686 р. царський уряд підписав «Вічний» мир, згідно з яким Річ Посполита відмовлялась від претензій на Смоленськ, Лівобережну Україну, Київ, Запоріжжя, Чернігово-Сіверську землю з м. Черніговом. Росія уклала з Річчю Посполитою антиосманський союз, фактично приєднавшись до Священної ліги, та зобов'язувалась організувати військові походи проти Кримського ханства. Кримські походи (1687 і 1689 рр.) під керівництвом В.Голіцина, в яких брали участь і українські козацькі полки, завершилися повною поразкою Росії. В 1687 р. Софія усунула від влади гетьмана І.Самойловича і затвердила гетьманом І.Мазепу, з яким московський уряд у 1687 р. уклав Коломацькі статті. В 1689 р. був підписаний Нерчинський договір з Цинською імперією, що відкрило можливість для вільної торгівлі між державами. Невдачі Кримських походів, суворі репресії проти стрільців та неспроможність уряду Софії Олексіївни стати на шлях реформ послабили її позиції у боротьбі з прихильниками Петра І. У вересні 1689 р. вона була усунута від влади Петром І і ув'язнена в Новодівочому монастирі. Після розгрому стрілецького повстання 1698 р. змушена була прийняти постриг в черниці під іменем Сусанни. Померла в ув'язненні.
