Не обійшли реформи і церковне життя. У 1551 році був скликаний церковний Собор, що отримав назву Стоглавого, оскільки його рішення були сформульовані в ста розділах єдиного документа – «Стоглава». Безпосередню участь в організації Собору прийняв і сам цар. Собор уніфікував церковні обряди для всієї Російської православної церкви. Ще так званими Макар’євськими соборами 1547 і 1549 років був визначений загальноросійський пантеон святих, багато місцевих святих були тепер офіційно канонізовані.
Регламентації зазнало церковне мистецтво: наказувалося створювати нові ікони, наслідуючи певним зразкам, серед яких особливе місце зайняли твори Андрія Рубльова.
Виникло питання і про церковне землеволодіння. Було вирішено залишити церкві всі землі, придбані до Стоглавого собору, але надалі купівля і отримання землі в дар повинні були проводитися тільки з царського дозволу. Таким чином, церковне землеволодіння було поставлено під царський контроль.
Велику увагу собор моралі духовенства. Ченцям було заборонено пити горілку, а протопопам наказувалося стежити за поведінкою рядових священиків, щоб «не билися и не лаялися и не сквернословили и пияни бы в церковь и во святый олтарь не входили, и до кровопролития не билися». Боротьба за чистоту вдач повинна була підняти авторитет духовенства і сприяти посиленню престижу церкви в суспільному і державному житті.
1503 - Відбувся церковний собор, присвячений питанню про церковне землеволодіння. Полеміка між прихильниками Ніла Сорського і Йосифа Волоцького.
Різне трактування християнського віровчення було виражене в працях і чернечих подвигах Ніла Сорського і Іосифа Волоцького. Трохи пізніше, вже у другій чверті XVI ст., послідовники цих видатних православних подвижників стали іменуватися «нестяжателями» (“некористолюбцями”) і «іосифлянами». До перших можна віднести Вассіана Патрікєєва, Артемія Троїцького і, з деякими обмовками, Максима Грека.
Іосифлянських позицій дотримувалася більшість церковних ієрархів – митрополит Данило, митрополит Макарій і інші.
Визначені терміни – «нестяжательство» (“некористолюбство”) і «іосифлянство» – в принципі не дуже вдалі. Вони не відображають головної суті релігійних розходжень представників цих двох найбільших напрямків в російській релігійно-філософській думці XV-XVI ст. Проте, хоч і з деякою часткою умовності, доводиться користуватися цими термінами, бо вони устоялися. При цьому потрібно пам'ятати, що і «некористолюбство» і «іосифлянство» – це дві сторони єдиного процесу розвитку російської релігійно-філософської думки в XV-XVI ст. А розбіжності між ними можна звести до такого зіставлення: перетворення світу через внутрішнє виховання людини або завоювання миру на шляхах зовнішньої роботи в ньому.
Одна з важливих релігійно-філософських проблем цього періоду боротьба з єресями.
