У другій половині IX століття територія Македонії була завойована військами Першого Болгарського царства. Під владою Візантії залишилася лише Фессалоніка з округою. Велике значення для розвитку культури слов'ян мала місія грецьких просвітителів Кирила і Мефодія+поширення єретичного вчення богомильства. У 970-971 східна частина території Болгарського царства була відвойована військами Візантії та Святослава Ігоревича. Ядром держави Самуїла, що отримав у істориків назву Західно- Болгарське царство, була Македонія, а столицею був Охрід. У 997 році Самуїл прийняв титул царя. Протягом усього свого правління він вів практично не припинялися війни з Візантією. Йому вдалося приєднати Епір, сучасні Албанію і північно-східну Болгарію, а також значну частину Сербії. 1018 року Болгарське царство впало, його територія , включаючи Македонію, повернулися до складу Візантійської імперії.Західно- Болгарське царство Самуїла характеризувалося частиною істориків як перше слов'янське держава на Балканах, що виникло в результаті повстання комітопули проти болгарської влади. У рамках Візантійської імперії більша частина Македонії входила до складу феми Болгарія , адміністративним центром якої спочатку був місто Скоп'є , з 1150 року - Ніш. Прибережні області були приєднані до феме Солуня. Існувала також фема Македонія , яка розташовувалася у Фракії (центр - Адріанополь ).
Входження до складу Візантії призвело до посилення податкового тягаря: натуральні податі на користь держави були замінені грошовими , введені поземельний і подимний податки , а також податок на майно. Це призвело до великого повстання Петра Деляна 1040-1041 рр.Наступне велике повстання спалахнуло в 1072 році в північній Македонії та Косові під проводом Георгія Войтеха і Костянтина Бодина. Костянтин був проголошений в Призрені царем Болгарії. У 1073 році, проте , заколот був придушений.Наприкінці XI – напади норманів (1096 р., Вільгельм ІІ – 1185р.). Лише наприкінці 1185 византийцам вдалося вигнати норманів з Балканського півострова.
