Після розрухи смутних часів Російська держава почала зміцнюватися і у світській і церковній ідеології стала домінувати візантійська теократична ідея.
Московське царство перетворилося в головного заступника колись великих, а тепер занепалих східних православних патріархатів – Константинопольського, Олександрійського, Антиохійского й Єрусалимського. Пророцтво старця Філофея про славу "третього Риму" здавалося справдилось. Світські й церковні влади Русі прагнули підтвердити те, що Москва є наступницею політичної, культурної й духовної спадщини Візантії. Для цього ще в XVІ ст. почалося виправлення церковних книг за грецькими й південнослав'янськими зразками. У XVІІ ст. ця робота продовжилася, особливо пожвавшись в часи царя Олексія Михайловича (1645 –1676 рр.). За тими ж зразками вносилися зміни в обрядовість і богослужіння.
За задумом Никона почали споруджувати Новоєрусалимський монастир під Москвою. Будівництво Нового Єрусалима знаменувало символічне "перенесення" головних палестинських святинь, які колись перебували на землях Римської імперії, в "третій Рим".
Пагорби біля монастиря отримали назви гір, пам'ятних ще за земного життя Христа: Сіон, Єлеон, Фавор; невелику жіночу обитель назвали Віфанією, село Зиновіїве Пустище було перейменовано в Капернаум, ріка Істра – у Йордан тощо. Таким чином царство єдиного православного "білого" царя ("білий" у цьому випадку означає "вільний від будь-яких данин і податей") заявляло про себе як про спадкоємця й хранителя християнських святинь.
Але теократію Никон тлумачив по-своєму. За його увленням, вона мала на увазі не стільки "симфонію" – єднання Церкви й держави, – скільки чітке верховенство Церкви. Якщо за класичною візантійською версією державна влада виражала свою підпорядкованість вірі, ідеалам й інтересам Церкви, то, за Никоном, вона повинна була офіційно визнати верховенство церковних установ й ієрархів. Позиція Никона нагадує версію теократичної ідеї, яка сформувалася на католицькому Заході.
Здавалося, мрії патріарха близькі до здійснення. Олексій Михайлович навіть подарував йому титул "великого государя", який носили російські царі. Однак зростаючі претензії Никона зрештою переповнили чашу терпіння самодержця, до того ж цар уявляв стосунки між Церквою й державою дещо не такими. Зокрема, він створив спеціальну установу для керування майном монастирів – Монастирський наказ, а новий законодавчий звід (Соборний кодекс 1649 р.) містив закони, які істотно розширювали права держави стосовно Церкви і обмежували її земельні володіння.
На Московському соборі 1666–1667 рр. за участю патріархів Олександрійського й Антиохійского Никона звинуватили в гамбуванні царя й Руської Церкви, самоправності, жорстокості до підлеглих, його позбавили сану й відправили в заслання.
Однак церковні реформи, розпочаті патріархом Никоном, тривали. Історики відзначають, що Никон так само ревно впроводжував усе грецьке, як Петро Великий – все західне. Патріарх здійснював свої нововведення досить жорстко, не дуже прислухаючись до заперечень супротивників реформСупротивники необґрунтованої переробки всього й вся на грецький лад висували цілий ряд заперечень. Наприклад, висловлювалися у відповідності грецьких книг православним традиціям. Багато таких книг друкувалися в Італії, де прихильники унії з Римом вносили в текст зміни в дусі католицьких догматів.
Той же собор 1666 –1667 рр., який позбавив Никона святительського сану, затвердив нові обряди й чини богослужінь. Старі книги й обряди були оголошені неправославними.