За царювання Олексія Михайловича державний устрій Московської держави став набирати характеру абсолютизму. Відмирання земських соборів. Соборне уложення 1649 остаточно закріпачувало селян та розширювало права дворянства і купецтва, Церковна реформа патріарха Никона (1666) викликала розкол Московської церкви (поява «старообрядництва») та жорстоку церковно-релігійну боротьбу. Заміна срібних грошей мідними викликала мідний бунт. Зовнішня політика Московського царства за Олексія Михайловича відзначалась активною експансією щодо сусідніх народів та країн, уклав Переяславський договір 1654 з Україною. Порушуючи умови договору, ще за життя Богдана Хмельницького намагався здійснити ряд заходів, спрямованих на обмеження державних прав України.
В 1654—1656 і 1660—1667 вів війну з Польщею. Зайнявши за допомогою козацьких полків всю Білорусію і Литву, припинив дальші воєнні дії, які мали завершитись повним вигнанням польської шляхти з українських земель. Сподіваючись стати королем Речі Посполитої і нехтуючи інтересами України, уклав Віленське перемир'я 1656 р. В результаті Андрусівського перемир'я 1667 та «Вічного миру» 1686, Польща й Московія розділили між собою Україну по Дніпру, Київ дістався Москві. Війна зі Швецією (1656-58) за вихід до Балтійського моря закінчилася невдачею.
Протягом 1670-х рр. велися війни з Кримом та Туреччиною, в яких Московії не вдалося пробитись до Чорного моря. Постійні воєнні дії та погіршення становища населення викликали бунти та повстання (1648 та 1662 у Москві, 1650 у Пскові і Новгороді, 1670—1671 під проводом Степана Разіна на Дону, Поволжі та півдні Московської держави), які були жорстоко придушені. В період правління Олексія Михайловича за посередництвом українців у Московії починає поширюватись вплив європейської культури . Перед смертю встиг висвятити свого сина Федора на царство.
