Після смерті Івана Грозного на престол був зведений його недоумкуватий син Федір. При ньому вся повнота влади знаходилася в руках створеної ще за життя Івана IV регентської ради.
Оскільки молодий цар Федір був недієздатний і чужим до справ управління, доля держави фактично опинилася в руках протиборчих боярських угруповань. Уже в 1584 р виявилися два полюси політичної боротьби. На одному з них стояла першорядна князівська знать на чолі з Шууйськими (прихильниками обмеження монархії аристократією), а на іншому - худородні "дворові" діячі, антиподи княжат, які висуваються в роки опричнини (прихильники проведення опричної політики). Але ні тій, ні іншій силі не вдалося здобути перемоги. Верх взяв союз кланів Годунових і Романових , який з 1586 склав урядове ядро. Борис Годунов припадав царю Федору шурином (Ірина Годунова - цариця.
Урядове угруповання Годунових і Романових об'єднувало переважно представників тих верств старомосковського боярства і князів, які звикли пов'язувати свої службово-місницькі просування і матеріальне благополуччя з государевою службою і царською "платнею".
Отже, у боротьбі бояр за провідну роль при новому царі переможцем вийшов Годунов Борис Федорович, усунувши суперників. З 1585 він протягом 13 років правив Росією від імені царя Федора.
Роки правління Бориса Годунова відзначені розмахом міського та церковного будівництва. Для цих цілей були запрошені іноземні архітектори і будівельники. Серед фортець, побудованих при Борисі Годунові, самим грандіозним спорудженням називають Смоленську фортечну стіну для захисту заходу Росії від Польщі.
У внутрішніх справах саме видне місце належить установі патріаршества, що підвищило престиж Росії і дозволило відокремитися Російської православної церкви від Візантійської патріархії. Годунов в 1588 році добився того, щоб патріархом був призначений митрополит Іов.
Своєю церковною реформою Борис Годунов придбав міцну підтримку Російської церкви в особі патріарха Іова, який підтримував політику Годунова. Маючи опору в духівництві, Борис Федорович розташував на свою користь і військовий стан.
Внутрішня політика Бориса Годунова була спрямована на зміцнення феодальної держави і задоволення інтересів дворянства, якому щедро роздавалися землі.
Виходом з господарського кризи 1570-початку 1580 рр. Годунов бачив у посиленні кріпосного права. Для закріплення селян за їх власниками був виконаний ряд заходів: проведено перепис населення, заведені писцові книги, які отримали значення документа, який закріпачував селян, і видані укази.