- надзор за исполнением законов, воинских уставов и других актов военного законодательства всеми органами военного управления, воинскими частями, учреждениями, военно-учебными заведениями, предприятиями, организациями, командирами (начальниками) и другими должностными лицами Вооруженных Сил РФ, всеми военнослужащими и призванными на сборы военнообязанными, военными строителями и другими лицами, в отношении которых имеется специальное указание в законодательстве РФ, а также рабочими и служащими Вооруженных Сил РФ при выполнении ими обязанностей по службе (общий надзор);
- надзор за исполнением законов органами дознания, действующими в Вооруженных Силах РФ, следователями военных прокуратур, а также органами дознания и следователями органов безопасности при расследовании ими дел, подсудных военным судам;
- надзор за соблюдением прав и свобод военнослужащих и других граждан, имеющих отношение к Вооруженным Силам Российской Федерации;
- надзор за соблюдением законов и воинских уставов в местах содержания задержанных и арестованных военнослужащих, военных строителей и в дисциплинарных частях, а также при исполнении в воинских частях наказаний, назначаемых военными судами.
Военная прокуратура координирует деятельность правоохранительных органов, функционирующих в войсках.
Главный военный прокурор и подчиненные ему прокуроры обладают в пределах своей компетенции полномочиями, установленными Федеральным законом «О прокуратуре Российской Федерации», и осуществляют их независимо от командования и органов военного управления в соответствии с законодательством РФ.
Военные прокуроры также вправе:
- участвовать в заседаниях коллегий, военных советов, служебных совещаниях органов военного управления;
- назначать вневедомственные ревизии и проверки, затраты на проведение которых возмещаются по постановлению прокурора органами военного управления, где состоят на довольствии проверяемые воинские части и учреждения;
- требовать обеспечения охраны, содержания и конвоирования лиц, находящихся в местах содержания задержанных и заключенных под стражу, соответственно воинскими частями, военными комендантами, караулами по конвоированию внутренних войск, органами и учреждениями внутренних дел;
- немедленно освобождать из мест содержания задержанных и заключенных под стражу лиц, незаконно там находящихся.