Парасимпатична частина вегетативної нервової системи теж має центральний тапериферичний відділи. Центральний відділ представлений парасимпатичними ядрами, які лежать в середньому, задньому і довгастому мозку та крижових сегментах спинного мозку. Периферійний відділ представлений вузлами та волокнами, що входять до складу III, VII, IX, X пар черепних та тазових нервів.
У середньому мозку поряд з руховим ядром III пари нервів лежить парасимпатичне додаткове ядро (Якубовича), відростки клітин якого входять до складу окорухового нерва. Вони переключаються у війковому вузлі, що лежить в очній ямці, і іннервують м’яз-звужувач зіниці та війковий м’яз. У ромбоподібній ямці поряд з ядром лицевого нерва лежить верхнє слиновидільне ядро. Від нижнього слиновидільного ядра йдуть парасимпатичні волокна в складі IX пари нервів до привушної слинної залози. Ці волокна перериваються у вушному вузлі.
Найбільша кількість парасимпатичних волокон проходить у складі блукаючого нерва. Вони починаються від його парасимпатичного дорсального ядра й іннервують всі органи шиї, грудної та черевної порожнин до поперечної ободової кишки. У грудній, черевній і тазовій порожнинах симпатичні та парасимпатичні волокна утворюють змішані сплетення. Найбільшим сплетенням черевної порожнини є черевне (сонячне) сплетення, яке розташоване на передній поверхні черевної аорти. Уздовж черевної аорти вниз тягнеться досить велике вегетативне нервове сплетення, яке в ділянці мису формує верхнє підчеревне сплетення. Воно опускається у порожнину малого таза, переходить у праве та ліве нижні підчеревні сплетення, до яких приєднуються тазові парасимпатичні нерви. Усі Ці гілки, переплітаючись, біля кожного органа таза утворюють сплетення, забезпечуючи їхню іннервацію.