Скоропадський належав до тієї групи вищої старшини, що цілком підтримувала Гетьмана Івана Мазепу, з яким він був пов'язаний і особистою приязню. 1706 Гетьман Мазепа призначив Скоропадського на уряд полковника Стародубського, особливо важливий в обставинах Північної війни й союзу України зі Швецією; було відомо, що він готував Скоропадського на свого наступника. 1708 Мазепа, вже зі шведського табору, писав Скоропадському, щоб він старався «московське військо зі Стародуба іскоренити». Цей лист був перехоплений росіянами, й Скоропадський фактично був заарештований у московському таборі. Не мавши іншого кандидата (Данило Апостол, хоч і ворог Мазепи, пішов з ним до шведів, а Павло Полуботок не користався довір'ям Петра І), Петро Романов погодився на кандидатуру Скоропадського, який і був формально обраний на гетьмана у Глухові 6 листопада 1708. Але Петро І ніколи цілком не довіряв Скоропадському, приховував від нього військові плани, відмовився затвердити пропоновані Скоропадським пункти нової угоди України з Москвою (Решетилівські статті 1709) й затримав (до 1710), видачу йому інсталяційної грамоти на гетьманський уряд.
Полтавська перемога Росії розв'язала руки Петрові І щодо України. Країна, спустошена війною, епідемією чуми, стала територією російської військової окупації. Росія не тільки тримала тут постійно своє військо (10 драгунських полків), коштом місцевого населення, але щораз більше втручалася у внутрішні справи України, які перед тим належали до компетенції гетьманського уряду. Козацьке військо було передане під командування російських генералів, а гетьманська артилерія, насамперед із Коропа, була вивезена до Росії. У Глухові, куди була перенесена столиця Гетьманщини (1709), московський резидент (спершу А. Ізмайлов, а потім Вініус і Ф. Протасьев) наглядав за діяльністю гетьмана, який мусив радитися з ним у всіх справах. Романов не тільки залишив за собою виключне право призначати генеральську старшину й полковників (а іноді навіть і сотників), але й наставляв на ці уряди іноземців та навіть іновірців: росіян, молдаван, сербів, поляків.
Терор супроти мазепинців та їхніх родин, депортованих у Сибір, конфіскація їх маєтків і нахабна роздача награбованого російським вельможам, створення в Україні величезних латифундій Олександра Меншикова, чужих достойників й обмеження права земельних надань гетьмана, численні й чимраз більші мобілізації козаків і посполитих на важкі будови військових укріплень, каналів (Ладога, Волга-Дін) і нової російської столиці Петербургу — все це буквально паралізувало діяльність українського уряду.
Нарешті, 1722 Петро І утворив Малоросійську колеґію, яка значно обмежувала владу гетьмана й права українського уряду. Економічна політика Росії в Україні по 1709 набирає виразно колоніального характеру: обмежуються або й забороняються торгові відносини Гетьманщини з Західною Європою, чорноморськими країнами й Запоріжжям, гальмується розвиток української промисловості (зокрема гутницької й салітряної); економічне і фінансове життя Гетьманщини піддається під монопольний контроль російського уряду й купецтва. Чималих утисків зазнає також культурне і церковне життя (зокрема заборона українського друку 1720). Все це погіршувало політичну й моральну атмосферу країни, тероризувало українську людність, сприяло численним доносам на гетьмана та його уряд, кінець-кінцем дезорганізувало українське національне й громадське життя.
Після смерті І.Скоропадського Петро І заборонив вибори наступного гетьмана. Тому старшина призначила наказним гетьманом Лівобережжя чернігівського полковника Павла Полуботка (1722— 1724). Він походив із козацько-старшинського роду Сіверщини, навчався у Києво-Могилянській колегії, був одним із претендентів на гетьманство ще в 1708 p., але через недовіру Москви його кандидатура була відхилена. Ставши наказним гетьманом, П.Полуботок намагався чинити опір російській політиці ліквідації української автономії. Щоб нейтралізувати втручання Малоросійської колегії у внутрішнє життя Гетьманщини розпочав реорганізацію суду, спрямовану на викорінення хабарництва та волокити, погрожував суворими карами старшині за утиски простого населення, вимагав нещадно розправлятися з ініціаторами різних заколотів. Одночасно відправляв до царя численні петиції та делегації з проханням розпустити Малоросійську колегію та відновити гетьманство.
Уперта опозиційна діяльність українського уряду викликала роздратування Петра І, який збільшив повноваження Малоросійської колегії, перетворивши її з контролюючої на владну адміністративну структуру. Одночасно він викликав П.Полуботка та його однодумців до Санкт-Петербурга, де наказав їх заарештувати та ув'язнити у Петропавловській фортеці. Частина а них, у тому числі й сам Полуботок, померли від жорстоких катувань під час слідства, уцілілих звільнили лише після смерті Петра І на початку 1725 р. померли підчас слідства, уцілілих звільнили лише після смерті Петра І на поч. 1725 р. Такою була розплата за оборону автономних прав Гетьманщини.
У народній пам'яті Павло Полуботок залишився зразком героя мученика, який у період загального занепаду національної гідності кинув звинувачення в обличчя російському самодержцеві Збереглася легенда про те, що перед смертю П.Полуботка Петро І прийшов до нього в тюрму і просив вибачення за кривди. Тоді гетьман сказав: "За невинне страждання моє і моїх земляків будемо судитися у спільного судді. Бога нашого, скоро станемо перед ним, і він розсудить Петра з Павлом".
Данило Апостол Після смерті Петра І у 1725 р. було пригальмовано процес цілковитої ліквідації автономії України. Готуючись до війни з Туреччиною й намагаючись якось втихомирити українців (у Туреччині тоді перебував і вів переговори з Францією й запорожцями П.Орлик), російські політики почали прихильніше ставитися до української автономії. її несподіваним тимчасовим спільником став князь О.Меншиков, фактичний регент малолітнього царя Петра II, власник величезних маєтків у Гетьманщині і запеклий ворог українського автономізму. Він виступив із критикою Малоросійської колегії, яка обклала податками його маєтності в Україні, й у 1727 р. імперська рада розпустила її, декретом дозволивши місцевому населенню обирати гетьмана. Ним став сімдесятирічний миргородський полковник Данило Апостол (1727—1734). Він походив з козацько-старшинського роду Полтавщини, соратник І.Мазепи, за участь в опозиційному русі був ув'язнений разом з П.Полуботком.
Д.Апостол після обрання його гетьманом подав петицію про відновлення державних прав України на основі "статей Б.Хмельницького". У відповідь російський уряд видав указ, яким визначалося правове становище Гетьманщини — т. з в. Рішительні пункти. Вони значно обмежували гетьманську владу і політичну автономію Лівобережжя: 1) гетьман міг обиратися тільки за згодою царя і не мав права на дипломатичні зносини з іноземними країнами, крім випадків, коли це стосувалося прикордонних проблем із Польщею і Кримським ханством. Під час війни він підпорядковувався російському фельдмаршалові, а не цареві як раніше; 2) кандидатів на посади генеральної старшини й полковників затверджував цар; 3) вищою судовою апеляційною інстанцією мав бути Генеральний суд, до складу якого поряд з трьома українцями входило стільки ж росіян; 4) усувалися обмеження в торгівлі з іноземними купцями, але мито за імпортовані товари йшло до царської скарбниці; 5) скасовувалася заборона на купівлю землі в Україні росіянами тощо.
Хоч українську автономію було значно обмежено, все-таки в цих умовах Данило Апостол шукав можливості для організації державного життя. Він відновив право призначати генеральну старшину та полковників, значно зменшив кількість росіян в адміністрації, підпорядкував собі Київ, обмежив до шести число російських полків в Україні. Значну увагу гетьман приділяв купецько-старшинській верстві, буржуазії, вбачаючи в ній опору української державності, зробив спробу покінчити із землеволодінням російських вельмож і чиновників, видавши указ про матеріальне сприяння тим, хто бажав виїхати з України. Успішними були заходи Д. Апостол а щодо повернення під гетьманську владу запорожців, я кіз 1709 р. змушені були проживати на території Кримського ханства, і затвердження дозволу на заснування в 1734 р. Нової Січі на р. Підпільній (біля сучасного м. Нікополя). Захищаючи державні права українського народу та обмежуючи російські впливи на Україну, гетьман Апостол тим самим затримав процес повної інтеграції Гетьманщини у структуру Російської імперії.
