З середини XVI ст., з появою Запорозької Січі і формуванням козацтва як окремого стану феодального суспільства, організація козацтва перейшла на якісно новий рівень розвитку.
До утворення Запорозької Січі спричинив комплекс причин. Одним з видів діяльності козацтва було уходництво - сезонні походи в місця постійних промислів (уходів) в Дикому Полі з метою здобуття засобів до існування. Це об'єктивно сприяло господарському засвоєнню і вивченню більш глибших районів Дикого Поля. Козаки відбували з місць постійного перебування (Канів, Черкаси) навесні, об'єднувались у загони на чолі з отаманом і їхали в степи до осені, де й займались мисливством, рибальством, випасом худоби і коней, видобутком солі та ін. Вже з початку XVI ст. осередком уходів стало Запоріжжя, особливо полюбляли козаки район Дніпрових порогів, від р. Самари до о. Хортиця і район Великого Лугу, береги Дніпра нижче порогів. Самі козаки говорили: "Січ - мати, Великий Луг - батько". З часом уходництво переросло в постійну колонізацію Дикого Поля. В місцях уходів з'являються укріплені зимівники, городки - "січі" (засіка, сікти). Поступово в козаків сформувалося усвідомлення потреби в об'єднанні своїх сил і створенні єдиного центру, щоб міцно взяти під контроль засвоєні землі. Так повинна була виникнути Запорозька Січ, але коли саме це сталося, точно невідомо.
За свідченням "Польської хроніки" Бєльських у 30 - 40-х рр. XVI ст. якась Січ існувала на о. Томаківка. Перша ж достовірно відома Січ існувала у 1553 - 1557 рр. на о. Мала Хортиця, засновником якої був Дмитро Вишневецький (Байда) із знатного магнатського роду, князь, був державним урядовцем, але покозачився. Всього відомо 8 запорозьких січей: Хортицька (1553 - 1557 рр.), Томаківська (1560 ті 1593 рр.), Базавлуцька (1593 - 1638 рр.), Микитинська (1638 - 1652 рр.), Чортомлицька (1652 - 1709 рр.), Кам'янська і Олешківська (1709 - 1734 рр.), Нова (Підпільненська) (1734 - 1775 рр.). П¢ять з цих січей знаходилися на території Дніпропетровської області.
Що собою представляв устрій Запорозької Січі? Січ була фортецею, всередині якої - майдан, площа для проведення ради, церква, стовп для покарань, а навколо - великі хати - курені, будинки для старшини, канцелярії, арсеналу, різні майстерні та ін. Всі козаки, що належали до Запорозької Січі, були приписані до куренів, очолюваними курінними отаманами. Традиційно на Січі було 38 куренів. В основу організації Запорозької Січі були покладені широкі демократичні засади. Всі посади на Січі були виборними на один рік, обирали на Різдво на козацькій військовій раді, якій належала вища влада на Січі. Вищу виконавчу владу на Січі мав кошовий отаман, разом з яким обирали військову старшину: суддю, писаря, осавула, які й становили уряд Січі, до них належали і курінні отамани. Вибирали також і іншу старшину, яка при військовій старшині виконувала допоміжні функції: довбиша, піддовбиша (бив у військові литаври, був при виконанні судових вироків, забезпечував сплату податків, стягнення мита з торгівлі); пушкаря, підпушкаря, гармаша (відповідали за артилерію, здійснювали нагляд за військовою в'язницею); товмача (перекладач, військова розвідка); кантаржія (охоронець мір та ваг, єдиних для торговців на всій Січі); шафарів (збирачі мита (перевізного) з купців за переправу через Дніпро); булавничого, бунчукового, хорунжого (прапороносець), пірначного; чаушів (посли); підосавулія, підписарія, канцеляристів та ін.
Була ще й похідна і паланкова старшина. Похідну становив полковник (сердюк), осавул, писар. Полк складався з 500 козаків, полки об'єднувалися у військову команду, 10 козаків мали 1 віз. Паланкова старшина була представлена полковником, осавулом, писарем та їх помічниками: хорунжим, підосавулом, підписарем.
Січ це була столиця. Під її контролем перебувала значна територія степу. Землі Війська Запорозького поділялися на адміністративно-територіальні одиниці - паланки. Спочатку їх було 5, потім стало 8. Щорічно місця промислів (уходи) поділялися між куренями. Чисельність козаків не була постійною, в різні часи коливалася від 3-5 до 15-20 тисяч. Основна маса козаків жила на "уходах" - хуторами, зимівниками, слободами. Серед козаків не було рівності, були заможні і голота. Вони всі разом збиралися на ради, вибирали старшину. Січ мала широко розвинену систему прикордонних форпостів (50 козаків) із системою попередження про наближення ворога за допомогою вогненно-димової сигналізації (фігури). Козацькі загони охороняли суходольні і водні шляхи, перевози через річки. Січ мала зовнішньополітичні зв'язки з Кримом, Росією, донськими козаками, Австрією, Молдовою, Польщею, Туреччиною, Венецією та ін. Січ мала й символи влади - клейноди: булаву, бунчук, печатку.
Тобто у Січі був свій уряд, адміністрація, свій адміністративний поділ території, кордони, прикордонна служба, податкова система, армія, військовий флот, закони, звичаєве козацьке право, зовнішньополітичні зв'язки, тобто важливі елементи, ознаки державності. Сама ж Запорозька Січ, як утворення військово-політичного характеру, виконувала і функції державного утворення. По суті, Запорозька Січ була зародком нової української державності.
