В русле бодуэновско-щербовского направления складывается и развивается Ленинградская / Петербургская фонологическая школа. Начиная с 1912, ученик И.А. Бодуэна де Куртенэ Л. В. Щерба разрабатывает развЈрнутое учение о фонеме как минимальном элементе слова, связанном со смыслом. Известно длительное противостояние щербовской и Московской фонологических школ. Щербовская школа преимущественно ориентируется на учЈт человеческого фактора в языке, раскрывающегося через призму психологизма и социологизма, в то время как Московскую школу характеризует заметная ориентация на формальный, имманентно-структуралистский подход. В щербовской школе сегментация потока речи на отдельные звуки объясняется воздействием фонологической системы языка, опосредованной связью фонологических явлений со смыслом. К структурно-функциональным (т.е. в конечном итоге опять-таки не только строевым, но и семантическим) критериям щербовцы обращаются при отождествлении фонем (разграничивая фонематические и нефонематические звуковые различия). Они различают оттенки (варианты) фонем (в терминологии дескриптивистов -- аллофоны) обязательные и факультативные, а среди обязательных -- основные и специфические, а также разграничивают комбинаторные и позиционные оттенки (варианты). В фонемном анализе исследователь ориентируется не столько на морфемы, сколько на менее абстрактные текстовые слова (словоформы), что обеспечивает более тесную связь фонемы как элемента языковой системы и звука речи как еЈ индивидуальной реализации. Система фонем определяется как система функционально значимых противопоставлений между ними. Щербовцы принимают понятие фонологического дифференциального признака и вместе с тем отказываются считать его минимальной фонологической единицей. Не все петербуржцы следуют классификации фонологических оппозиций по Н.С. Трубецкому и предлагают собственные классификации (Л.Р. Зиндер, Ю.С. Маслов). Представителями щербовской школы не допускается возможность пересечения двух разных фонем в одной позиции (в отличие от МФШ) . Многие из них отказываются от понятия нейтрализации. Особый интерес представляют идеи Л.В. Щербы и Е.Д. Поливанова об особом характере минимальной фонологической единицы в языках слогового строя. Основные положения учения о фонеме Л.В. Щербы и идеи Е.Д. Поливанова получили развитие в работах последователей (Маргарита Ивановна Матусевич, 1885--1979; Лев Рафаилович Зиндер, 1904--1995; их ученики Лия Васильевна Бондарко, Людмила Алексеевна Вербицкая, Мирра Вениаминовна Гордина, Лев Львович Буланин, Вадим Борисович Касевич). Близки к щербовским позициям были фонологические концепции Сергея Игнатьевича Бернштейна, Георгия Петровича Торсуева.
