Японская сформировалась совсем поздно, на протяжении трех с небольшим последних веков. Первоначально в Японию вместе с китайской письменностью и китайской культурой проникла и китайская лингвистическая традиция, влияние которой в ряде областей, прежде всего в составлении словарей, стойко сохранялось вплоть до периода европеизации. Однако в XVII в. Япония стала «закрытой страной, обособившись от внешнего мира, включая Китай. Японские ученые тех лет, принадлежавшие к школе кокугакуся («национальные ученые»), занялись изучением национальных ценностей и национальной религии и культуры. Одним из компонентов «национальной науки» стало изучение японского языка, начавшееся в XVII в., но наиболее активно развернувшееся во второй половине XVIII в. и в первой половине XIX в. Главным достижением деятельности кокугакуся было создание грамматики (точнее, морфологии) японского языка, где нельзя было опираться на китайские образцы. Кокугакуся также изучали фонетику и этимологию, Крупнейшими языковедами того времени стали Мотоори Норинага, теоретик школы кокугакуся, и Тодзё Гимон, окончательно сформировавший традиционную японскую систему частей речи и глагольного спряжения.
В отличие от описанных выше индийской, китайской и арабской традиций японская не успела окончательно сформироваться к моменту происшедшей после «открытия» Японии (1854) интенсивной европеизации страны. Уже к концу XIX в. произошел синтез традиционных и заимствованных с Запада подходов, в результате чего при полном исчезновении чисто традиционной науки японское языкознание XX в. обладает рядом оригинальных и своеобразных черт.
