Запорізькі козаки створили струнку військову організацію: козацтво поділялося на полки по 500-1000 чол. на чолі з полковниками, полки ділилися на сотні на чолі з сотниками, сотні - на курені на чолі з курінними отаманами. Все запорізьке військо очолював кошовий отаман, пізніше - гетьман. Всі посади у Січі були виборними, головні питання вирішувалися на козацькій раді. Жінок у Січ не пускали, а одружені козаки проживали на хуторах - зимівниках. У 1593 р. засновано другу Січ на острові Базавлук.