Министерства, в которые сентябрьским манифестом 1802 г. были преобразованы петровские коллегии, работали весьма непродуктивно. Сперанский подготовил два важных акта, реформирующих их деятельность. В июле 1810 г. был обнародован манифест "О разделении государственных дел по министерствам". А 25 июля 1811 г. было издано "Общее учреждение министерств". Сперанский находил двойной недостаток в этих министерствах: отсутствие точного определения ответственности министров и неправильное распределение дел между министерствами. Они были преобразованы двумя актами - манифестом 12 июля 1810 г. о разделении государственных дел на особые управления и «Общим учреждением министерств» 25 июня 1811 г. По новому распорядку упразднялось одно из восьми прежних министерств, министерство коммерции. Дела этого министерства были распределены между министерствами финансов и внутренних дел. Из ведения же министерства внутренних дел вопросы внутренней безопасности были переданы новому министерству, министерству полиции. Кроме того, учреждено было несколько особых ведомств под названием «главных управлений» со значением отдельных министерств: «Главное управление ревизии государственных счетов» (или государственный контроль), «Главное управление духовных дел иностранных исповеданий» и еще раньше, в 1809 г., «Главное управление путей сообщения». Таким образом, отдельных центральных ведомств, между которыми были распределены дела в порядке исполнительном, т. е. административном, явилось всех одиннадцать вместо прежних восьми. В «Общих учреждениях» определены были состав и делопроизводство министерств, пределы власти министерств, их ответственность и другие подробности министерского управления. Оба акта, которыми были созданы министерства и особые главные управления, по стройности плана, логической последовательности его развития, по своеобразности и точности изложения до сих пор признаются образцовыми произведениями нашего законодательства, которыми не без основания гордился сам автор.
Во главе министерства стояли министры и их товарищи (заместители), им подчинялись директора департаментов, тем, в свою очередь, - начальники отделений, начальникам отделений столоначальники. Министры назначались императором. Губернаторы, также назначаемые императором, стали чиновниками Министерства внутренних дел. Но при преобразовании министерств так и не были осуществлены предложения Сперанского об ответственности министров.
Порядок, установленный Сперанским, оставался без изменений вплоть до 1917 года, а некоторые из учрежденных в 1811 году министерств действуют и сейчас.
