Современная классификация вирусов универсальна для вирусов позвоночных, беспозвоночных, растений и простейших. Она основана на фундаментальных свойствах вирионов, из которых ведущими являются признаки, характеризующие нуклеиновую кислоту, морфологию, стратегию генома, АГ свойства. Фундаментальные свойства поставлены на 1 место, поскольку вирусы со сходными АГ свойствами обладают и сходным типом нуклеиновой кислоты, сходными морфологическими и биофизическими свойствами. Важным признаком для классификации, который учитывается нарду со структурными признаками, является стратегия вирусного генома, под которой понимают используемый вирусом способ репродукции, обусловленный особенностями его генетического материала. АГ и другие биологические свойства являются признаками, лежащими в основе формирования вида и имеющими значение в пределах рода.
В основу современной классификации положены следующие основные критерии:
1) тип нуклеиновой кислоты (РНК или ДНК), ее структура (количество нитей);
2) наличие липопротеидной оболочки;
3) стратегия вирусного генома;
4) размер и морфология вириона, тип симметрии, число капсомеров;
5)феномены генетических взаимодействий;
6) круг восприимчивых хозяев;
7) патогенность, в том числе патологические изменения в клетках и образование внутриклеточных включений;
8) географическое распространение;
9) способ передачи;
10) АГ свойства.
На основании перечисленных признаков вирусы делятся на семейства, подсемейства, роды и типы. Для упорядочения наименований вирусов выработан ряд правил. Название семейств оканчивается на «viridae» «virinae» «virus». В названии допускаются привычные латинизированные обозначения, цифры и обозначения типов, сокращения, буквы и их сочетания.