Миссия таможенной службы представляет собой качественно выраженную цель, которая преобразуется затем в систему долгосрочных и краткосрочных целей, отраженных в программах и планах. Миссия таможенной службы, сформулированная на основе институционального подхода.
Бизнес-миссия таможни:
1. В своей деятельности таможня реагирует на международную ситуацию в области безопасности и защищает общество и среду от внешних угроз;
2. Одновременно таможня, при равном отношении ко всем клиентам, обеспечивает точное применение таможенных правил, тем самым. Облегчая международную торговлю, сохраняя таможенный контроль и формальности на таком уровне, который необходим для осуществления эффективного контроля;
3. Таможенная служба осуществляет свою работу, защищая внешнюю границу Российской Федерации и сотрудничая с другими национальными и международными инстанциями.