Наиболее часто в управлении применяются общие и локальные методы. Общие — направлены на решение главным образом задач перспективного, стратегического развития таможенной службы, а локальные — используются преимущественно в системах текущего оперативного управления.
В зависимости от форм воздействия в таможенной системе применяются методы прямого и косвенного воздействия.
1) Методы прямого воздействия опираются на волю и авторитет государства. К ним относятся организационно-распорядительные и правовые методы.
Особенности организационно-распорядительных методов в таможенных органах, как военизированных и правоохранительных, состоят в том, что они выражают прямое директивное воздействие на систему в целом или на ее элементы в отдельности; дают возможность руководителю таможенного органа принимать однозначное решение; основаны на обязательности нормативных и директивных документов. В таможенных органах применяются три группы организационно-распорядительных методов: организационные, распорядительные и дисциплинарные. Ведущее место отводится методам организационного воздействия. Они представляют собой долговременное закрепление организационных связей в системе, служащее основой ее управления, и включают: регламентирование, нормирование и инструктирование.
Правовые методы представляют собой совокупность юридических средств и способов воздействия на элементы социально-экономической системы и отношения между ними в процессе управления. К правовым методам относятся: правовые нормы, правовые отношения, правовые акты.
2) К методам косвенного воздействия относятся социально-психологические, экономические и экономико-математические методы.
Социально-психологические методы управления представляют собой конкретные способы и приемы воздействия на процесс формирования и развития коллектива, на социальные процессы, проистекающие внутри его. Целью социально-психологических методов является обеспечение растущих социальных потребностей сотрудников, их всестороннего гармонического развития и повышение на этой основе служебной активности личности и эффективной деятельности коллективов. Эти методы управления основаны на использовании социального механизма, действующего в коллективе, в состав которого входят неформальные группы, роль и статус личности, система взаимоотношений в коллективе, социальные потребности и другие социальные аспекты.
К экономическим методам относятся: централизованный плановый и методы экономического стимулирования, а к экономико-математическим — неформализованные, слабоформализованные и формализованные методы.