Важнейшая задача исполнения бюджета — обеспечение полного и своевременного поступления налогов и других платежей в целом и по каждому источнику, а также финансирование мероприятий в пределах утвержденных по бюджету сумм и в течение того финансового года, на который утвержден бюджет.
Сумма превышения доходов над расходами при исполнении бюджета, образующаяся в результате дополнительных доходов или экономии в расходах, зачисляется в соответствующий бюджет и изъятию не подлежит. Она используется по усмотрению соответствующего органа власти. Потери в доходах и излишние расходы не компенсируются из вышестоящего бюджета за исключением случаев, когда они вызваны изменением действующего законодательства.
В процессе исполнения бюджета возможно снижение объема поступлений доходов бюджета, что приводит к неполному по сравнению с утвержденным бюджетом финансированию расходов.
Если снижение объема поступлений доходов произошло более чем на 10% годовых назначений, то Правительство РФ направляет в ГД РФ проект закона о внесении изменений и дополнений в закон о бюджете. Государственная Дума рассматривает указанный законопроект во внеочередном порядке, определенном статьей 213 БК РФ.
Если проект федерального закона о внесении изменений и дополнений в федеральный закон о федеральном бюджете не принимается в указанный срок, Правительство РФ имеет право на пропорциональное сокращение расходов федерального бюджета впредь до принятия федерального закона по данному вопросу.
Непосредственная работа по исполнению федерального бюджета РФ проводится Министерством финансов РФ, его подразделениями и органами.
Кассовое исполнение бюджетов и внебюджетных фондов возложено на Федеральное казначейство РФ. Система органов Федерального казначейства состоит из Главного управления Федерального казначейства и починенных ему территориальных органов на местах.
Отчет об исполнении федерального бюджета направляется Правительству РФ, которое не позднее 1 июля текущего года представляет его в форме федерального закона в Государственную Думу и Счетную Палату РФ. Дума рассматривает этот Отчет в течение полутора месяцев после представления заключения Счетной Палаты РФ. По итогам рассмотрения Отчета об исполнении федерального бюджета и заключения Счетной Палаты Государственная Дума РФ принимает решение об утверждении отчета об исполнении федерального бюджета или его отклонении.