Система арбитражей упразднена с 1 октября 1991 г. В п. 2 Постановления Верховного Совета РСФСР "О введении в действие Закона РСФСР "Об арбитражном суде" записано: "Упразднить с 1 октября 1991 года на территории РСФСР арбитраж и иные аналогичные органы в системах министерств, государственных ведомств, в ассоциациях, концернах, иных объединениях, а также на предприятиях и в организациях".
Органы Государственного арбитража в отдельных областях России исполняли свои функции и сохраняли полномочия до избрания арбитражных судов в соответствии с Законом РСФСР "Об арбитражном суде", принятым 4 июля 1991 г., с изменениями и дополнениями, внесенными Законом РФ от 24 июня 1992 г.
Замена системы арбитражей арбитражными судами предопределялась новыми экономическими условиями перехода к рыночным отношениям, существования нескольких форм собственности. Разрешение споров между равными субъектами хозяйствования прежними способами и методами, которые применялись в условиях плановой системы хозяйствования, стало невозможно. Арбитраж был преобразован в суд, деятельность которого по рассмотрению и разрешению споров протекает в арбитражной процессуальной форме, создающей устойчивые гарантии защиты права в равной мере всем участникам гражданского оборота.
В связи с принятием Конституции РФ (1993 г.), нового ГК РФ, а также дальнейшим совершенствованием арбитражной судебной системы и ее функционирования возникла необходимость в принятии ФКЗ "Об арбитражных судах в Российской Федерации" и нового, третьего по счету, Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации, которые в настоящее время и определяют систему и состав арбитражных судов, а также процессуальную форму их деятельности.
Согласно Закону 1991 года действовала двухзвенная система арбитражных судов: ВАС РФ и арбитражные суды субъектов РФ. В 1995 г эта система была дополнена ещё одним звеном, расположившемся между арбитражными судам субъектов и ВАС РФ – федеральные арбитражные суды округов. В результате изменений, внесенных в ФКЗ «Об арбитражных судах в РФ», появилось звено апелляционных арбитражных судов, занявшее промежуточное место между арбитражными судами субъектов и федеральными арбитражными судами округов. Таким образом трёхинстанционная система трехинстанционной (первая, кассационная и надзорная) добавилась ещё и апелляционной.
Арбитражный процесс перешел на начала состязательности, повысилась оперативность в разрешении споров, произошли изменения в подведомственности дел арбитражным судам, был намечен эксперимент по участию в разрешении споров в арбитражных судах в первой инстанции арбитражных заседателей.
Совершенствование деятельности арбитражных судов страны во второй половине 90-х гг. прошлого века велось на основе программ совершенствования работы и повышения эффективности деятельности. Однако сама структура арбитражно-судебной системы России оставалась негармоничной, имелась несостыковка норм АПК РФ 1995 г. с иными ФЗ, а также с рядом постановлений КС РФ
В начале ХХI в. были устранены: 15 декабря 2001 г. были внесены изменения в Закон о статусе судей, 30 мая 2001 г. - был принят ФЗ "Об арбитражных заседателях арбитражных судов субъектов РФ».
24 июля 2002г. Президентом России был подписан новый Арбитражный процессуальный кодекс России, более тщательно регулирующий порядок судопроизводства в арбитражных судах, учитывающий международно-правовые стандарты справедливого и доступного правосудия. Можно констатировать то обстоятельство, что судебно-арбитражная система состоялась, заняла свое место в общей судебной системе России. В принятии нового АПК проявляется связь государства, права и отдельного человека, которая переводит конституционные положения о правозащитных функциях органов правосудия в плоскость их практической реализации путем создания рабочих механизмов, которые уже на конкретном уровне позволяют конкретному гражданину получить судебную защиту его прав и свобод, в данном случае – в сфере предпринимательской и иной экономической деятельности.
