Рассматривая финансирование автономных и бюджетных учреждений необходимо отметить однородность получаемых доходов финансового обеспечения. Источники финансирования представлены бюджетным и внебюджетным потоком.
Бюджетный поток представляет собой два основных направления:
1) Субсидия на выполнение государственного (муниципального) задания;
2) Субсидия на иные цели (согласно статьи 78.1 БК).
АУ имеют право привлекать средства от размещения средств учреждения на счетах кредитных организаций при наличии разрешения федерального казначейства и учредителя. БУ это запрещено.