Утвержденные целевые программы реализуются за счет средств федерального бюджета, привлекаемых для выполнения этих программ внебюджетных источников, средств бюджетов субъектов Российской Федерации. Решение проблем, находящихся в совместном ведении Российской Федерации и субъектов РФ, осуществляется в основном за счет средств бюджетов субъектов РФ. К внебюджетным источникам, привлекаемым для финансирования целевых программ, относятся: взносы участников реализации программ, включая предприятия и организации государственного и негосударственного секторов экономики; целевые отчисления от прибыли предприятий, заинтересованных в осуществлении программ; кредиты банков, средства фондов и общественных организаций, зарубежных инвесторов, заинтересованных в реализации программ и другие поступления. Для осуществления целевых программ могут создаваться специальные фонды. Источниками средств, направляемых в эти фонды, являются: прибыль, остающаяся в распоряжении предприятий и организаций, средства бюджетов субъектов РФ, средства внебюджетных фондов федеральных органов исполнительной власти и другие.
Источником финансирования целевых программ могут являться инвестиционные и конверсионные кредиты, а также целевые кредиты банков под государственные гарантии. Оформление и предоставление государственных гарантий на выдачу кредита коммерческими банками осуществляет Министерство финансов РФ. Государственные гарантии выдаются коммерческим банкам под конкретные объекты программных мероприятий
