В 1990 был образован Государственный комитет РСФСР по антимонопольной политике и поддержке новых экономических структур. В 1992 году в целях обеспечения развития рыночных отношений и конкуренции в Российской Федерации утверждено новое Положение о Государственном комитете Российской Федерации по антимонопольной политике и поддержке новых экономических структур.В марте 1997 года Государственный комитет Российской Федерации по антимонопольной политике и поддержке новых экономических структур преобразован в Государственный антимонопольный комитет Российской Федерации. 22 сентября 1998 года Указом Президента Российской Федерации были упразднены ряд комитетов и служб, занятых антимонопольным регулированием, на их месте образовано Министерство Российской Федерации по антимонопольной политике и поддержке предпринимательства. 9 марта 2004 года Министерство было упразднено, а его полномочия переданы другим ведомствам.
25 декабря 2014 года ФАС России переданы функции Федеральной службы по оборонному заказу (Рособоронзаказ) по контролю в сфере государственного оборонного заказа. Постановление вступило в силу 1 января 2015 года.
Указом Президента РФ №373 от 21 июля 2015 года ФАС России переданы функции в сфере тарифного регулирования..
