Перед войной численность еврейских общин полуострова составляла примерно 70 тысяч человек. Части из них удалось эвакуироваться до того, как Крым был захвачен немецкими войсками. Оккупанты провели перепись еврейского население полуострова, затем евреи кратковременно — на две-три недели — помещались в тюрьмы, гетто, либо направлялись на работы, после чего уничтожались. Всего было убито более 40 тысяч человек (по другим данным, более 60 тысяч). В апреле 1942 г. захватчики объявили, что Крым очищен от евреев и крымчаков. При этом караимов не тронули, так как тем удалось доказать, что они этнически не относятся к евреям. Надо сказать, что караимы, как правило, не пытались помочь своим единоверцам избежать страшной участи, наоборот, часто они сотрудничали с фашистами.
Вооружённых восстаний мирных жителей-евреев в Крыму не было — немцы действовали слишком быстро, и евреям просто не хватило времени организоваться, чтобы дать отпор. Однако в памяти остались акты личного неповиновения и героизма: феодосийский врач Фиделев был казнён, отказавшись ремонтировать газовое оборудование (предназначенное якобы для целей дезинфекции); крымчак НоахЛомброзо убил немецкого офицера и, переодевшись в его форму, прибыл в штаб немецкий войск и расстрелял там ещё несколько фашистов; резник Арон, которого везли на казнь, избил конвоиров и сумел скрыться, в дальнейшем попав к партизанам.
На момент освобождения Крыма советскими войсками в 1944 г. на полуострове осталось 499 евреев (включая крымчаков), и около 3 тысяч караимов.
