После распада СССР и образования Российской Федерации все функции по управлению архивным делом в стране были переданы специально созданному органу - Росархиву. В его структуру, вместе с другими федеральными архивными учреждениями, вошел и ВНИИДАД, получивший название Всероссийский научно-исследовательский институт документоведения и архивного дела. Аббревиатура при этом не изменилась – ВНИИДАД, однако институт постепенно изменял свое лицо.
В настоящее время институт входит в систему Федерального архивного агентства (Росархива). Его основными задачами остаются разработка теоретических и методических проблем архивоведения и документоведения, архивного дела и документационного обеспечения управления.
В институте имеются научно-исследовательские подразделения по основным направлениям деятельности: отдел архивоведения (в его составе: сектор организации научно-справочного аппарата и учета архивных документов, сектор комплектования и экспертизы ценности документов, сектор использования архивных документов), отдел документоведения (в его составе: сектор документационного обеспечения управления, сектор стандартизации и управления документацией), отдел экономического и технологического обеспечения архивного дела (в его составе: лаборатория обеспечения сохранности архивных документов, сектор экономики архивного дела, лаборатория автоматизированных архивных технологий).
Институтом разработаны правила, методики и регламенты работы государственных архивов и архивов организаций. Создан ряд перечней документов, регулирующих отбор документов на архивное хранение. Важнейшие направления научно-исследовательской работы института — решение вопросов теории и практики экспертизы ценности документов и комплектования архивов, создание и развитие системы научно-справочного аппарата и ее теоретико-методической базы, классификации архивной информации. Специалисты института успешно занимаются решением вопросов экономики архивного дела, обеспечения сохранности архивных документов и их использования.
