Об'єднання всіх вузлових механізмів і функціональних систем визначає корисний для організму результат діяльності. Будь-яка зміна результату, так само як і його оптимальний стан, постійно сприймається рецепторами. Сигналізація (зворотна афферентація), що виникає в рецепторах, надходить до відповідних нервові центри і вибірково залучає до функціональні системи елементи різних рівнів для побудови виконавчої діяльності, спрямованої на відновлення потрібного для організму результату.
Вихідною стадією системної архітектоніки цілеспрямованого поведінкового акту будь-якого ступеня складності є стадія аферентного синтезу. На цій стадії в центральній нервовій системі здійснюється синтез збуджень, обумовлених внутрішньої метаболічної потребою, обстановочной і пусковий афферентаціей з постійним використанням генетичних та індивідуально набутих механізмів пам'яті. Стадія афферентного синтезу закінчується стадією прийняття рішення, яка по своїй фізіологічній сутності означає обмеження ступенів свободи поведінки і вибір будь-якої єдиної лінії поведінки, спрямованої на задоволення сформованої на стадії аферентного синтезу провідною потреби організму.
Наступною стадією в динаміці послідовного розгортання поведінкового акту, що здійснюється одночасно з формуванням цілеспрямованої дії, є стадія передбачення потрібного результату - акцептор результату дії; поведінковий акт закінчується, якщо досягнуть повноцінний результат, що задовольняє вихідну потребу організму. В іншому випадку, якщо параметри досягнутих результатів не відповідають властивостям акцептора результату дії, виникає орієнтовно-дослідницька реакція, перебудовується стадія аферентного синтезу, приймається нове рішення і поведінковий акт здійснюється в новому, необхідному для задоволення вихідної потреби напрямку.
Одним з провідних принципів побудови функціональних систем організму є так званий голографічний принцип. Кожен елемент, що входить у діяльність функціональних систем, відбиває у своїй активності стан її кінцевого результату. Іншими словами, саме в діяльності окремих елементів функціональних систем відбивається вихідна потреба організму і її задоволення.
Взаємодія окремих функціональних систем в цілому організмі і в популяціях будується на основі принципів домінування і багатозв'язних регулювання за кінцевими результатами. Домінування окремих функціональних систем в організмі визначається механізмами домінанти і означає, що в кожен даний момент часу діяльністю організму заволодіває провідна функціональна система, яка забезпечує задоволення головною для виживання, продовження роду або суспільного престижу потреби.
Принцип многосвязной регулювання означає взаємодію різних функціональних систем за їх кінцевих результатів, що нерідко визначає їх узагальнену діяльність в інтересах цілого організму. Прикладом такої діяльності різних функціональних систем є гомеостаз.
У цілісному організмі виявляється ще один принцип динамічної організації функціональних систем - принцип послідовного квантування життєдіяльності. Процеси гомеостазу та поведінки в їх континуумі розчленовуються діяльністю функціональних систем на дискретні елементи (кванти), кожен з яких закінчується корисним для організму результатом.
Функціональні системи - об'єктивно існуючі організації, що визначають інтегративні цілісні функції організму, взаємодія організмів між собою і з навколишнім середовищем. За рахунок саморегуляції функціональних систем мають здатність до самоорганізації.
Цілісний організм в кожен даний момент часу представляє злагоджена взаємодія - інтеграцію по горизонталі й вертикалі різних функціональних систем на основі їх ієрархічного, многосвязной одночасного і послідовної взаємодії, що в кінцевому рахунку визначає нормальний перебіг фізіологічних процесів. Порушення цієї інтеграції, якщо воно не компенсується спеціальними механізмами, веде до захворювання й загибелі організму.
