Функціональні системи організму - динамічні, саморегулівні центрально-периферичні організації, що забезпечують своєю діяльністю корисні для метаболізму організму і його пристосування до навколишнього середовища результати.
Для досягнення корисних для організму результатів у функціональних системах вибірково об'єднуються елементи різних рівнів. В організмі це тканини різних органів, механізми нервової і гуморальної регуляції. Регуляторні взаємини, властиві функціональним системам, забезпечують необхідну адаптивну стійкість результатів їх діяльності та взаімосодействія окремих елементів для досягнення корисних результатів для всього організму в цілому. Їх роль можуть виконувати результати метаболічних реакцій в тканинах, а також різні показники внутрішнього середовища організму, що забезпечують різні боки метаболічних процесів; Функціональні системи поведінкового і особливо психічного рівня, як правило, складаються в міру формування у суб'єктів спеціальних потреб і формуються значною мірою в процесі навчання. Виборче становлення функціональних систем та їх окремих частин у процесі онтогенезу отримало назву системогенезу.
Загальним принципом динамічної організації функціональних систем є принцип саморегуляції. Відхилення результату діяльності функціональних систем від рівня, що забезпечує оптимальну життєдіяльність організму, стимулює активність у рамках функціональних систем ланцюга процесів, спрямованих на повернення цього результату до оптимального рівня.
Будь-яка функціональна система має принципово однотипну організацію і включає загальні (універсальні для різних функціональних систем), периферичні і центральні вузлові механізми. До них відносяться: корисний пристосувальний результат як провідна ланка функціональних систем; рецептори результату; зворотна афферентація, що йде від рецепторів результату в центральні освіти функціональних систем; центральна архітектоніка, що представляє собою виборче об'єднання нервових елементів різних рівнів; виконавчі (соматичні, вегетативні, ендокринні, а також поведінкові) компоненти. Об'єднання всіх вузлових механізмів і функціональних систем визначає корисний для організму результат діяльності. Будь-яка зміна результату, так само як і його оптимальний стан, постійно сприймається рецепторами. Сигналізація (зворотна афферентація), що виникає в рецепторах, надходить до відповідних нервові центри і вибірково залучає до функціональні системи елементи різних рівнів для побудови виконавчої діяльності, спрямованої на відновлення потрібного для організму результату.