22 июня 1941 г. Президиум Верховного Совета СССР утвердил Положение о военных трибуналах в местностях, объявленных на военном положении, и в районах военных действий.
Военные трибуналы рассматривали дела, отнесенные к их подсудности:
а) военные трибуналы при дивизиях рассматривали дела в отношении лиц по должности до командира роты включительно и приравненных к нему по служебному положению лиц;
б) военные трибуналы при корпусах - до командира батальона включительно;
в) военные трибуналы при армиях (флотилиях) - до помощника командира полка включительно;
г) военные трибуналы при военных округах, фронтах и флотах -до командира отдельной бригады включительно.
Военным трибуналам предоставлялось право рассматривать дела по истечении 24 часов после вручения обвиняемому обвинительного заключения.
Военные трибуналы рассматривали дела в составе трех постоянных членов (без народных заседателей).
Приговоры военных трибуналов кассационному обжалованию не подлежали и могли быть отменены или изменены только в порядке надзора.
Военным советам округов, фронтов и армий (флотов, флотилий), а также командующим фронтами, армиями и округами (флотами, флотилиями) принадлежало право приостанавливать исполнение приговоров с высшей мерой наказания (расстрел) с одновременным обязательным сообщением по телеграфу Председателю Военной коллегии Верховного Суда СССР и Главному военному прокурору Красной Армии или Главному прокурору Военно-Морского Флота СССР по принадлежности своего мнения по этому делу, а также причины его приостановки.
О каждом приговоре, присуждающем к высшей мере наказания, военный трибунал должен был немедленно сообщать по телеграфу Председателю Военной коллегии Верховного Суда СССР и Главному военному прокурору Красной Армии или Главному прокурору Военно-морского Флота СССР по принадлежности. В случае неполучения от них в течение 72 часов (с момента вручения им телеграммы) команды о приостановлении приговора таковой приводился в исполнение.
Остальные приговоры военных трибуналов вступали в силу с момента их провозглашения и немедленно приводились в исполнение.
В годы войны в тылу страны была создана широкая сеть военных трибуналов НКВД. Они боролись с уклонениями от трудовых мобилизации, самовольными уходами рабочих и служащих с предприятий военной промышленности, с нарушениями правил противовоздушной обороны.