У теорії пізнання Декарт виступав як реформатор, автор нового наукового методу пізнання – дедукції, котра означає виведення пошукових істин на основі інших істин(матеріальне і ідеальне). Це щось на зразок математики, коли конкретне знання отримують на основі деяких загальних принципів, постулатів та аксіом. Декарт сформулював чотири основні правила наукової дедукції:Перше правило – не визнавати істинним нічого, окрім того, що не підлягає сумніву.Друге правило – ділити кожну складну проблему на більш прості і зрозумілі частини для подальшого пізнання.Третє правило – послідовно переходити в пізнанні від простого, відомого і доведеного до складного, невідомого і недослідженого.Четверте правило – необхідно проводити повний огляд всіх правил , фактів, систем, гіпотез, предметів їх властивостей – того, що, вивчається, щоб бути впевненим, що нічого не пропущено. Декарт вважав, що пізнання не може ґрунтуватися на відчуттях, покази яких є оманливими. Єдиним, найдостовірнішим засобом пізнання, його критерієм може бути лише мислення, розум, інтелектуальна інтуїція.Таким чином, Декарт перебільшував, абсолютизував раціональне, розумове у пізнанні. Він був засновником філософського раціоналізму. Раціоналізм Декарта, як однобічне розуміння логічного характеру математичного знання, не став загальновизнаним напрямком у світовій філософії. Він мав як і прихильників так і супротивників.
Одним із перших, хто піддав змістовній критиці раціоналізм Декарта, його вчення про «природженість ідей», був Джон Локк.
