Сюжет поеми складається з двох частин: перші шість піснею поеми присвячені мандрам Енея від Трої до Італії, а другі шість — війнам Енея в Італії з місцевими племенами. Вергілій дуже багато в чому наслідував Гомеру, так що першу половину «Енеїди» цілком можна назвати наслідуванням «Одиссеї», другу ж — «Іліаді» [4, с. 362].
Пісня I після короткого вступу розповідає про переслідування Енея Юноною і про морську бурю, в результаті якої він зі своїми супутниками прибуває в Карфаген, тобто до Північної Африки. Венера просить Юпітера допомогти Енею затвердитися в Італії, і той їй це обіцяє. У Карфагені Енея підбадьорює сама Венера, що з'явилася йому у виді мисливиці. Меркурій спонукує карфагенян люб'язно прийняти Енея. Еней являється перед Дідоною, царицею Карфагена, і та влаштовує урочистий бенкет на честь прибулих.
Пісня II присвячена розповідям Енея на бенкеті у Дідони про загибель Трої. Еней докладно оповідає про підступництво греків, що не могли протягом 10 років захопити Трою і зрештою прибігли до небувалої хитрості з дерев'яним конем. Троя була спалена грецькими воїнами, що вийшли вночі з нутра дерев'яного коня. Пісня насичена безліччю драматичних епізодів.
Пісня III — продовження розповіді Енея про його мандри. Еней попадає у Фракію, на Делос, на Крит, на Строфадскі острови; але під впливом різних застрашливих подій він ніде не міг знайти для себе пристанища. Тільки на мисі Акції були улаштовані ігри на честь Аполлона, і тільки в Епірі він був зворушливо зустрінутий Андромахою, що вийшла тепер заміж за Гелена, іншого сина Пріама. Різні обставини заважають Енею затвердитися в Італії, хоча він благополучно минає Сциллу і Харибду, а також циклопів. У Сицилії вмирає Анхіс.
Пісня IV присвячена знаменитому роману Дідони й Енея. Дідона, захоплена подвигами Енея, прагне вступити з ним у шлюб, у чому їй допомагає Юнона. Енею же має бути велике майбутнє в Італії, куди його направляють самі боги, і він не може залишитися в Дідони. Коли флот Енея відпливає від берегів Африки, Дідона, із прокльонами Енею і передвіщаючи майбутні війни Рима з Карфагеном, кидається в палаюче багаття і простромлює себе мечем, що подарував їй Еней.
У пісні V Еней вдруге прибуває в Сицилію, де проводять ігри на честь померлого Анхіса. Однак Юнона не припиняє свого підступу у відношенні до Енея і через Іриду спонукує троянських жінок підпалити його флот; по молитві Енея до Юпітера ця пожежа припиняється. Заснувавши в Сицилії місто Сегесту, Еней направляється в Італію.
Пісня VI зображує прибуття Енея в Італію, зустріч його з пророчицею Сивілою у храмі Аполлона в Кумах і одержання від неї поради для спуску до підземний світу, щоб довідатися там від Анхіса пророцтво про своє майбутнє. Скерований Сивілою Еней спускається в підземний світ, що зображений у Вергілія дуже докладно. Їх зустрічають спочатку різні чудовиська, потім Харон, страшний перевізник через ріку Ахеронт, потім їм приходиться приспати Цербера і зустріти незлічиму безліч тіней, і між іншим тіней добре відомих померлих. У Тартарі, найглибшому місці підземного царства, випробують вічні мучення знамениті міфологічні грішники такі, як зухвалі Титани, бунтівники Алоадів, безбожник Салмоней й інші. Минаючи палац Плутона, Еней і Сивіла попадають у Елісіум, тобто в область, де блаженно проводять своє життя праведники і де Еней зустрічає Анхіса, що показує всіх майбутніх нащадків його і дає поради щодо війн в Італії. Після цього — повернення Енея на поверхню землі.
Друга частина «Енеїди» зображує війни Енея в Італії за своє твердження там заради заснування майбутньої римської держави [4, с. 363].
У пісні VII Еней, що вступив у Лаціум, дістає згоду царя цієї країни Латина на шлюб з його дочкою Лавинією. Однак Юнона, постійна противниця Енея, руйнує цей шлюб і відновлює проти Латина інше італійське плем'я, рутулов, з їх вождем Турном. Латин іде від влади, а через підступ Юнони відбувається розрив між Енеєм і жителями Лаціума, на сторону яких переходять ще 14 інших італійських племен.
У пісні VIII Турн укладає союз з Діомедом, грецьким царем в Італії, а Еней — з Євандром, греком з Аркадії, що заснували місто, якому призначено було стати згодом Римом. Син Євандра Паллант разом з Енеєм просить допомоги в етрусків, що повстали проти свого царя Мезенція. На прохання Венери її чоловік Вулкан виготовляє для Енея блискуче озброєння і щит високомистецької роботи з картинами майбутньої історії Риму.
Пісня IX — опис війни. Рутули під очоленням Турне уриваються в троянський табір, щоб спалити кораблі, але Юпітер перетворює ці кораблі в морських німф. Дуже важливий епізод із двома троянськими воїнами — друзями Нісом і Євріалом, що хоробро захищають вхід у троянський табір, але гинуть після розвідки, зробленої ними в таборі рутулів. Після цього Турн знову уривається в троянський табір і після жорстокої битви непошкодженим повертається додому.
У пісні X — новий жорстокий бій між ворогами, вже з участю Енея, що до цього часу знаходився в етрусків. Бій не в силах припинити навіть Юпітер. Турн пручається висадженню Енея на берег і вбиває Палланта. Турна захищає його покровителька Юнона. Та Еней вбиває Мезенція і його сина.
У пісні XI — поховання убитих троянців, нарада і сварка Латина і Турна. В результаті войовничий Турн бере верх над Латином, що пропонували перемир'я з троянцями. Далі — виступ амазонки Камілли на стороні рутулів, що кінчається її загибеллю і відступом рутулів.
Пісня XII в основному присвячена єдиноборству Енея і Турна, що зображується в урочистих тонах, з різними уповільненнями і відступами. Юнона припиняє переслідувати Енея, і Турн гине від руки останнього.
«Енеїда» не була закінчена Вергілієм, у ній немає зображення тих подій, що відбулися після війни троянців і рутулів: примирення й об'єднання латинян із троянцями, відкіля і почалася історія Риму; одруження Енея на Лавинії; появи в них сина Іула; появи в потомстві Іула братів Ромула і Рема, від яких пішли перші римські царі [4, с. 364].
