Закономірною реакцією на тотальний геноцид гітлерівців став партизанський спротив. Щоправда, спершу німецьким каральним підрозділам, вишколеним у боротьбі з рухом опору в уже завойованих країнах, певною мірою вдавалося блокувати дії поспіхом сформованих загонів радянських партизанів і підпільників.
Наприкінці 1942 р. радянський рух опору став масовим. У контрольованих партизанами районах Чернігівської, Сумської, Київської, Житомирської, Рівненської та Волинської областей відновлювалися органи радянської влади (виконкоми). Діяльність цих органів, а також командування партизанських з'єднань, що брало на себе певні функції місцевих радянських органів, мала надзвичайний характер. Незрідка вони вершили суд, вирішували воєнні, адміністративно-господарські питання. Німецьку окупацію українських земель намагалась використати Організація українських націоналістів (ОУН), яка прагнула відновити Суверенну Соборну Українську Державу. Відомі кілька спроб створити українські представницькі органи на окупованих українських землях.
Так, 30 червня 1941 р. у захопленому Львові похідна група ОУН(б) при підтримці батальйону "Нахтігаль" зібрала представників національного осередку міста і проголосила їх Національними зборами українців. Було прийнято Акт відновлення Української держави. У ньому зазначалося: "На західних землях України твориться Українська Влада, яка підпорядкується Українському Національному Урядові, що створиться у столиці України — Києві з волі українського народу"; проголошувалося також призначення Я. Стецька головою Українського державного правління.
Невдалими виявилися й інші спроби відновити українську державність. Створену в липні 1941 р. у Львові Українську національну раду на чолі з К. Левицьким (колишнім головою уряду ЗУНР) гітлерівці примусили саморозпуститися. У жовтні 1941 р. в Києві з ініціативи О. Ольжича (Кандиби) ОУН(м) утворила Українську національну раду на чолі з М. Величківським. 17 листопада 1941 р. її заборонили, а понад 40 ініціаторів цієї акції, у тому числі — поетесу Олену Телігу, невдовзі розстріляли. У середині листопада 1941 р. була розпущена Українська повстанська армія — Поліська Січ (Т. Бульби-Боровця), що співпрацювала з гітлерівцями задля знищення у своєму регіоні залишків частин Червоної Армії.
Після невдалих спроб використати німецько-фашистську окупацію для відновлення української державності радикальні націоналістичні організації перевели основну частину своїх кадрів на нелегальне становище і нелегальні форми роботи. 14 жовтня 1942 р. була створена Українська повстанська армія (ОУН — У ПА). На початку 1943 р. відбулися перші збройні виступи її підрозділів. Крім Волині та Полісся дії УПА поширилися на Галичину. Подекуди тут встановлювалась українська цивільна та військова влада, здійснювалися земельна реформа та мобілізація до лав УПА.
