Скасування гетьманства не означало повної ліквідації атрибутів української державності. Ще зберігалися нижчі органи влади, адміністративний поділ, військо, фінансова й судова системи тощо. Царський уряд розпочав широкомасштабний наступ на ці залишки Гетьманщини. У 1764 р. верховним органом влади замість гетьмана і Генеральної військової канцелярії стала друга Малоросійська колегія з чотирьох російських чиновників і чотирьох колишніх генеральних старшин; її очолив президент Петро Рум'янцев. Основне завдання колегії полягало в уніфікації місцевих органів влади й порядків із загальноросійськими та збільшення надходжень у царську казну.
Значну увагу звертала колегія на чиновництво. З цією метою вона в 1765—1769 рр. провела ревізію належності "вільних" і рангових маєтків. Запроваджувався контроль за наданням посад і звань, президент зрівняв місцеве чиновництво зі столичним у платні. 3 1768 р. канцеляристи переводились у службових справах під дію російського військового статуту.
Чимало корисного зробила колегія для врегулювання стосунків між українським населенням і військовим командуванням. Вона намагалася не допускати зловживань з боку чинів при реквізиції худоби, зерна, фуражу та інших речей для потреб війська, налагодила відшкодування за них. Невизначені натуральні податки замінили "рубльовим збором". Разом з тим козаки позбавлялися податкового імунітету, далі обмежувалася особиста свобода селянства.
У 1781 р. запроваджено поділ Лівобережної України на три намісництва — Новгород-Сіверське, Чернігівське й Київське. Намісництва ділилися на повіти. Полково-адміністративний устрій перестав існувати. У 1783 р. замість козацьких полків утворено 10 кавалерійських регулярних полків, пізніше перейменованих у карабінерські. Україна втратила свої збройні сили, одну з головних ознак національної держави, і була зведена до стану звичайної окраїни Російської імперії. Залишилися тільки пам'ять та незначні відмінності між різними станами й соціальними групами населення.
У 1796 р. замість лівобережних намісництв створено Малоросійську губернію з центром у Чернігові й відновлено Слобідсько-Українську губернію. Наступного року почав працювати Генеральний суд
У результаті Ясського мирного договору 1791 р. до Росії відійшли давні українські землі між Південним Бугом і Дністром разом з Очаковом. Україна і Росія дістали вихід до Чорного моря. Давня південна проблема була вирішена. Хоч для національної державності цей успіх нічого не давав, але він відкрив нові можливості для соціально-економічного розвитку українських земель.
Після переможного завершення війни козаки почали селитися на відвойованих землях. Одночасно на них стали претендувати й російські вельможі та молдавські поміщики. Ситуація в краї загострювалась. Частина козаків потяглася за Дунай до своїх побратимів. Через це російський уряд вирішив забрати в козаків відвойовані і вже частково освоєні простори й перекинути їх на захист російсько-турецького кордону вздовж р. Кубані. Влітку 1792 р. перша партія українських козаків висадилася на Кубані й започаткувала Кубанське козацьке військо. До кінця року кількість переселенців збільшилася до 25 тис, зростала вона й надалі. Кубанське козацьке військо створювали на організаційних засадах Запорозької Січі, а самі переселенці вважали себе запорожцями.
