Система влади в Гетьманщині була закладена під час Хмельниччини. В середині XVII століття вона нагадувала військову диктатуру з елементами народовладдя. З кінця XVII століття ця система еволюціонувала в бік монархічно-республіканської системи зразка Речі Посполитої.
Головою держави був гетьман. Він обирався пожиттєво на козацькій раді загальним, відкритим голосуванням. Гетьман уособлював верховну виконавчу і судову владу, був керівником центрального апарату, головою усіх станів.
Верхівку влади складала генеральна старшина. В часи Хмельниччини її називали військовою старшиною. До її складу входили обозний, суддя, писар, два осавули, хорунжий і бунчужний, підскарбій. Генеральний писар керував ГВК, що виконувала роль уряду. Генеральний обозний очолював армату, мав повноваження заступника гетьмана, у разі потреби обіймав посаду наказного. Генеральні судді завідували судочинством. Генеральний суддя вершив суд над державними злочинцями, розглядав апеляції і прохання про помилування, контролював роботу місцевих судів. На засідання Генерального суду скликали підконтрольних генеральному судді суддів з міст і селищ. Всі судді були виборними. Генеральний підскарбій відповідав за Військову скарбницю, реформовану у Генеральну скарбову канцелярію. Осавули, хорунжі й бунчужні виконували функції гетьманських генерал-ад'ютантів. Генеральна старшина формувала при гетьмані дорадчий орган — Раду старшини.
Джерелом влади і захисником суверенітету держави були виключно представники козацького стану. Решта станів були усунені від державного управління. Деякі міста та монастирі користувалися Магдебурзьким правом чи самоврядуванням.
Гетьманщина поєднувала в собі риси республіканського і авторитарного ладу. Вищу владу представляли три органи — ГВР, гетьман і рада генеральної старшини. Незважаючи на те, що вищим органом влади була ГВР гетьман і генеральна старшина, як правило, маніпулювали цією радою і значення останньої поступово зменшувалося. Цьому сприяв і порядок прийняття рішень Генеральною радою: натовп піднімав руки, шаблі, підкидав шапки, через що застосовувалася акламація. Хмельницький поволі відмовився від їх скликання, вирішуючи справи одноособово або переносячи їх розгляд на старшинську раду. Утім потреба в скликанні ради диктувалася необхідністю зміцнення гетьманської влади в умовах наростання старшинської опозиції. Після його смерті, в умовах загострення політичної боротьби, значення загальної ради істотно посилилося.
На думку Віктора Горобця, через низку обставин з кінця 1650-х років інститут Генеральних рад отримав підтримку з боку московської влади. Головна причина зацікавленості російської сторони у збереженні інституту та розширення його функцій крилася в усвідомленні можливостей успішнішого маніпулювання настроями учасників широкого зібрання козацтва порівняно з тиском на кількісно вужчу та фахово ліпше підготовлену групу вищої і середньої козацької старшини.
На різних етапах історичного розвитку співвідношення владних повноважень головних елементів політичної системи Гетьманату — Генеральної ради, старшинської ради, гетьмана та генеральної старшини і полковників — не залишалося незмінним, зазнавало принципових змін. Унаслідок чого політичний режим в одних випадках набував ознак, характерних для авторитарного правління, в інших — олігархічного.
Авторитарний режим встановився у гетьманство Хмельницького, Дорошенка, Ігнатовича, Самойловича та другої половини правління Мазепи. В усіх цих гетьманів, на певних етапах, з'являлися плани заснування власних правлячих династій, заміни авторитарного режиму монархічним спадковим правлінням. Типовоми олігархічними режимами було гетьманування Виговського, Юрія Хмельницького, Скоропадського, Полуботка та Апостола.
Політична влада в Гетьманаті за своєю суттю була моноцентричною — центром ухвалення рішень виступав гетьманський уряд і центральні органи управління, яким підпорядковувались усі місцеві структури козацького врядування. Гетьманату був притаманний вищий рівень централізації влади у порівнянні з Річчю Посполитою але слабший за державну практику РІ. В козацькій Україні зберігалося міське самоврядування та доволі впевнено, особливо з 1710-х років, почувалися на місцях представники полкової влади. Окремі з полковників, що мали потужну підтримку місцевих еліт, або високих покровителів в оточенні російського монарха, не надто залежали від гетьманської влади і, відповідно, не вельми зважали на її розпорядження. Особливого розвитку ці негативні явища набули в часи гетьманування Івана Скоропадського.
Із запровадженням в Україні 1722-го року Малоросійської колегії розпочалася уніфікація із загальноімперськими зразками норм організації державного життя, функціонування діловодства, впровадження у правове поле російських юридичних кодексів, мобілізації матеріальних ресурсів краю на загальноімперські потреби тощо. Російська влада вчинила спробу де-факто ліквідувати інститути гетьманства і генеральної старшини, підмінити формально виборну полкову адміністрацію призначеними з центру російськими офіцерами, трансформувати судову і фінансові системи.
