Автономне існування Запорозької Січі в соціально-економічному плані ставало небажаним явищем для Росії. Незважаючи на пряме втручання царського уряду в життя козаків, Січ залишалася гальванізатором ї вогнищем національно-визвольної боротьби українського народу.
Російський уряд відкинув проект реорганізації Запорозького війська, складений старшинською верхівкою, очолюваною А. Головатим. "Не можно вам оставаться, — заявив їм у відповідь один з придворних Катерини II — граф Г. Потьомкін. — Вы крепко расшалились, и ни в каком виде не можете уже приносить пользы".
23 квітня 1775 р. придворна рада прийняла рішення про знищення Січі. Для проведення операції уряд послав на Запорожжя війська у складі 10 піхотних і близько 40 кавалерійських полків на чолі з генералом П. Текелі. 5 травня оточений гарнізон Січі склав зброю. Скарбницю, клейноди, архів було вивезено до Петербурга (в Росії вони перебувають й нині). Частина фортифікаційних споруд та інші будівлі зруйновано, а в Січі та паланкових фортецях розмістили російські гарнізони.
Кошового отамана та частину козацької старшини, яку напередодні Катерина II відзначила за активну участь у російсько-турецькій війні 1768-1774 pp., було заслано на Соловки та до Сибіру. Останній отаман Запорозької Січі — П. Калнишевський — до 1801 р. перебував у соловецьких казематах, а після звільнення залишився доживати віку там же, в монастирі. Помер 1803 р. на 112 році життя.
Маніфест про знищення останньої твердині українського козацтва з'явився 3 серпня 1775 р. У ньому оголошувалося, що "сечь Запорожская вконец уже разрушена со истреблением на будущее время и самого названия Запорожских казаков". Уряд звинуватив запорожців у тому, що вони самовільно освоювали землі Новоросійської губернії та Північного Причорномор'я, а також давали притулок різним збіглим людям.
Після зазначених подій українське козацтво розпалося на три основних гілки. Близько 5 тис. запорожців заснували у гирлі Дунаю з дозволу Туреччини Задунайську Січ (1775-1828), а ті, що залишилися на колишніх січових землях, увійшли до Чорноморського козацького війська (1788-1792), але згодом переселилися на Кубань. На північних землях України жили нащадки міського козацтва. Значна частина козаків і посполитих, що залишилися в паланках, була віднесена до розряду державних військових поселенців. Козацька біднота та селяни-втікачі потрапили в залежність до нових землевласників. Частина запорозької старшинської верхівки одержала додаткові землі й з часом перетворилася на великих феодалів, що вірно служили царату.
