Морфологія в свою чергу включає ряд розділів, морфологічних за своєю суттю:
- Цитологія (грец. китос (цитос) посудина, клітина) вивчає будову і життєдіяльність клітин.
- Гістологія рослин (грец. гістос — тканина) вивчає рослинні тканини і їх розподіл в органах рослин.
- Зазвичай в якості окремого розділу виділяють анатомію рослин (грец. анатомео — розрізаю), яка за допомогою мікроскопа вивчає внутрішню будову рослин і, таким чином, включає цитологію і гістологію. Окремим розділом анатомії є також гістохімія, яка за допомогою мікроскопа і хімічних реакцій встановлює розподіл різних речовин в клітинах і тканинах.
Як один з розділів структурної ботаніки історично відокремилась ембріологія рослин (грец. ембріон — зародок), яка вивчає зародження і ранні етапи розвитку рослинного організму.
