Цей відділ охоплює всіх хребетних тварин, крім круглоротих. Характерною ознакою щелепноротих є поява у вісцеральному відділі черепа щелеп. У більшості щелепноротих хорда існує лише на етапі зародків і личинок. Череп – хрящовий або кістковий – оточує мозок зі всіх боків. Щелепи утворюються внаслідок трансформації зябрових дуг. Нюхові мішки парні, в капсулі внутрішнього вуха завжди є три напівкруглі канали тощо.
Примітивних щелепноротих у викопних рештках поки що не знайдено. Вірогідно, вони відокремилися від примітивних безщелепних класу птераспідоморф. Це відокремлення завершилося в силурі й мало наслідком виникнення класів панцирних риб (Placodermi) й щелепнозябрових (Aphetohyoidea). Подальша еволюція привела до утворення ще двох класів риб: хрящових (Chondrichthyes) і кісткових (Osteichthyes), потім – чотириногих: земноводних (Amphibia), рептилій (Reptilia), птахів (Aves) і ссавців (Mammalia).
