Цитоплазма, що представляє собою основну масу протопласта (за вирахуванням ядра, мітохондрії і пластид), має складну будову, деталі якого до цих пір ще не з'ясовані. Вона складається з великої кількості високомолекулярних речовин - біополімерів. Частина останніх формує особливі структурні утворення - мембрани, які надають цитоплазмі значну структурність.Цитоплазма проявляє властивості порівняно в'язкої рідини, але водночас і деякі властивості твердого тіла (еластичність). Подібне поєднання властивостей можливо завдяки тому, що молекули біополімерів здатні утворювати тимчасові асоціації різних розмірів/ Структурну основу всієї цитоплазми, так званий цитоскелет, становлять особливібілки, здатні перетворювати хімічну енергію в механічну роботу. Це - скоротливі білки, подібні до тих білків, з яких побудовані м'язи тварин. Завдяки порожній мережі мембран всередині цитоплазми утворюється безліч так званих відділів. Тим самим створюються умови для просторового розмежування різних біохімічних процесів. Ці процеси можуть протікати одночасно в різних частинах цитоплазми однієї і тієї ж клітини, не заважаючи один одному.