Гаслом його діяльності є слова: «Природа створила всі істоти по одному плану, однаковому принципу, але нескінченно варіюючому в деталях». Свою концепцію про єдність типу називав «теорією аналогів». Її суть зводилася до наступного: тварини побудовані за одним морфологічним типом або планом, гомологічні частини яких зберігаються у різних видів тварин, незалежно від їх форми та функції (рука людини гомологічна передній нозі коні, крилу птиці). Розробив 2 принципи: Принцип конексій (взаємозв'язку) частин: гомологічні частини завжди розташовуються однаково щодо суміжних частин. Цей принцип Жофруа вважав «компасом» своїх досліджень єдності морфологічного типу тварин. Вважав, що орган швидше зміниться, атрофується, ніж переміститься». Принцип врівноваження (балансування органів): орган досягає повного розвитку тільки за рахунок недорозвинення іншого органу з його системи або суміжного з ним. Так, збільшення довжини ніг жирафа сталося за рахунок зменшення величини тулуба.
Досліджував рудиментарні органи та аномалії розвитку. Поширюючи ідею єдності типу на безхребетних намагався довести, що раки і комахи - хребетні, у яких внутрішні органи містяться всередині хребців. Вчення про єдиний план будови всіх тварин помилкове та суперечить фактам, бо кожен тип тваринного світу має свій план будови. Однак загальна ідея вірна: своєю теорією він підкреслив єдність походження тваринного світу та змінність органічних форм під впливом зовнішнього середовища і тим самим завдав сильного удару креаціонізму.
