Ізоляцією називається виникнення будь-яких бар'єрів, які перешкоджають панміксії. Ізоляція - елементарний еволюційний фактор, який розділяє популяції, закріплює і підсилює генетичні відмінності між ними, сприяє їх дивергенції. Залежно від природи ізолюючих механізмів розрізняють географічну, екологічну і біологічну форми ізоляції.
Географічна ізоляція полягає в роз'єднанні популяцій простором. Вона створюється: фізико-географічними бар'єрами (горами, ріками, морями, пустелями) чи відстанню. У першому випадку ареал вихідного виду розчленовується (фрагментується), у другому – розширюється. Вона не перешкоджає панміксії, якщо зникає за певних умов, або особини здатні її подолати і між ними за час існування географічної ізоляції не виникла генетична ізоляція. Характерно для червів, молюсків, амфібій, галапагойських в’юрків….
Екологічна ізоляція створюється пристосуванням організмів до різних умов середовища і буває біотопічною і сезонною. При біотопічній ізоляції близькі види існують на одній території, але для життя займають різні місця (біотопи), не зустрічаються між собою і не схрещуються. При сезонній ізоляції особини існують на одній території, зустрічаються між собою, але розмножуються у різні календарні терміни. Так, в озері Севан існують 5 рас форелі, які розмножуються у різні місяці на різних глибинах. Наприклад, дзвінець великий на некошених луках цвіте і плодоносить протягом літа; при скошуванні наприкінці літа утв. форма, яка встигає розвинути плоди до початку покосу; при ранньому покосі виникають ранньовесняні і пізньовесняні форми.
Біологічна ізоляція поділяється на: а) морфофункціональна; б) етологічну; в) генетичну. Морфофізіологічна ізоляція досягається відмінностями в будові органів розмноження, що унеможливлює процес копуляції між різними видами. Етологічна (поведінкова) ізоляція пов'язана з особливостями шлюбної поведінки тварин: ритуалами залицяння, звуковими, зоровими, хімічними подразниками, на які реагують особини того самого виду і не реагують особини інших видів (комахи, птахи, ссавці). Перші дві форми біологічної ізоляції й екологічна ізоляція називаються докопуляційними. Вони обмежують панміксію, але не припиняють ії. Генетична (репродуктивна) ізоляція є посткопуляційною. Вона зупиняє панміксію системою ізоляційних механізмів. Припустимо, що докопуляційні форми ізоляції не спрацювали і копуляція між організмами різних видів або запилення чужим видом відбулися. Тоді на шляху до утворення гібридів виникає генетична ізоляція, яка створюється організмами. Це може бути: несумісність гамет (неможливе запліднення); нежиттєздатність зигот; нежиттєздатність гібридів F1; стерильність гібридів.