Незважаючи на те що філогенетичні зміни органів дуже різноманітні, серед них виокремлюють дві основні групи. До першої групи зараховують зміни органів, обумовлені змінами їх функцій, до другої — зміни органів, пов’язані із заміщенням одних органів іншими, тобто їх субституцією, та зміни органів у результаті збільшення або зменшення числа однорідних частин, тобто полімеризації та олігомеризація. Субституція органів — це заміщення одного органа іншим, який виконує ту саму функцію. Наприклад, поступове заміщення в процесі еволюції хорди нижчих хордових хребтом у вищих хордових. У кактусів функцію фотосинтезу виконують не листки, а стебла. Причини субституції полягають у заміщенні попереднього органа досконалішим, новим або специфічних умовах навколишнього середовища, наприклад сухості клімату (наприклад, кактусів). Під гетеробатмією розуміють неоднаковий рівень розвитку і спеціалізації органів організму, досягнутий в результаті відносно незалежного розвитку його частин у процесі еволюції. В організмі тварин відносно слабо пов’язані між собою еволюційний розвиток органів руху, травлення і статевої системи. Такі органи та їх системи можуть еволюціонувати відносно самостійно, а організм загалом можна розглядати як мозаїку його незалежних частин.
Отже, в процесі історичного розвитку організмів простежуються тісний взаємозв’язок і взаємозалежність розвитку їх органів та функцій (кореляція). Високі темпи розвитку одних органів, як правило, супроводжуються відставанням у розвитку інших (компенсація), в результаті чого в одному організмі функціонують органи різного ступеня еволюційного розвитку (гетеробатмія).