В процесі індивідуального розвитку організми накопичують дрібні спадкові ознаки, які можуть призвести до змін напрямів їх подальшої еволюції. Морфо функціональне онтогенетичні процеси супроводжуються збільшенням інтегрованості с-м органів, їх цілісності, стійкості, координації функцій, ембріонізацією та виробітком механізму, які забезпечують відносну незалежність від впливу факторів навк.серед.. Процеси онтогенетичних перетворень організмів стисло відображають основні напрями та етапи їх історичного розвитку.
Ембріонізація онтогенезу – виникнення в процесі еволюції здатності організмів до походження частини стадій розвитку під захистом тіла матері або спеціальних оболонок. Вихідним в еволюції тварин є первинно-личинковий тип розвитку, який притаманний організмам, що відкладають дрібні яйця з невеликим запасом жовтка і мають вільноживучі личинки (кишковопорожнинні, губки, ракоподібні, амфібії). В організмів, які продукують великі яйця з більшою кількістю жовтка, личинковий тип розвитку змінюється на неличинковий (головоногі молюски, акули, птахи, яйцекладні ссавці). При неличинковому розвитку зародок перебуває тривалий час під захистом яйцевих оболонок, споживаючи запаси їжі з яйця. Розвиток ембріона переноситься в тіло матері і супроводжується живонародженням (у ссавців). У рослин магістральним шляхом ембріонізації є їх еволюція від спорових до голонасінних і покритонасінних, що відбувається одночасно з редукцією гаметофіта. Отже, ембріонізація онтогенезу спрямована на забезпечення стабільності розвитку його стадій, посилення ролі внутрішнього середовища в розвитку зародка і його захищеності від умов зовнішнього середовища.
- — своєрідний спосіб еволюції онтогенезу, при якому випадають кінцеві стадії індивідуального розвитку організмів. У тварин розвиток може призупинятися на стадії личинки, яка виконує функцію статевозрілої особини і здатна до розмноження. Явище неотенії поширене серед плоских червів, ракоподібних, павукоподібних, комах, окремих представників земноводних. У постійно-зябрових амфібій (наприклад, у протеїв і сирен) цілком втрачена здатність до метаморфозу, і функцію статевозрілої форми завжди виконує личинка. Таку форму неотенії називають педоморфозом.
- — спосіб еволюційних змін організмів, який характеризується уповільненням темпів онтогенезу окремих органів або їх систем, в результаті чого у дорослих організмів зберігаються відповідні ознаки їх ембріонального стану. Наприклад, збереження ембріональної скелетної тканини (хряща) в скелеті земноводних, хрящових риб і круглоротих, перевага мозкової коробки над щелепним відділом в голові людини.
Автономізація онтогенезу — виробіток у процесі еволюції механізмів, які забезпечують організмам відносну стійкість розвитку і незалежність від впливу факторів навколишнього середовища. Наприклад, формування легеневих альвеол в онтогенезі нижчих чотириногих стимулюється розтягненням легеневих мішків повітрям, яке вдихається. При переході до наземного способу життя зовнішні стимуляції знижуються і переміщуються на пізні стадії онтогенезу. Встановлено, що у жаб, рептилій, птахів і ссавців легені формуються під дією гормону щитовидної залози в ембріональний період і після народження вони готові для дихання. Наведений приклад свідчить, що зовнішній фактор (розтягнення альвеол повітрям) в одних організмів поступово замінюється внутрішніми факторами розвитку (ендокринної регуляцією).