Механізм дії на морфогенетичні реакції ще мало досліджений. При фотоморфогенезі світловий сигнал ініціює експресію нової генетичної програми – створення зеленої рослини. Фоторецептори – фітохром та крипто хром індукують всі реакції фотоморфогенезу. Фітохром- це розчинний у воді хромопротеїд, хромофор якого є тетрапірол з незамкненим ланцюгом, який тіоефірним зв”язком з’єднується з апопротеїном. Вміст фітохрому в рослині незначний, тому не дивно, що кількість енергії, яка потрібна для насичення відповідних фотопроцесів, на кілька порядків нища, ніж при фотосинтезі. Продукти цих світлових реакцій не регулюють ріст рослин стехіометрично, так як це буває з вуглеводами при фотосинтезі. Скоріш вони впливають на такі параметри, як проникність мембран, функція генів та активність ферментів. Тому для порівняння можна сказати, що при фотосинтезі на виділення одного моля кисню слід витратити 8-10 квантів, то така ж кількість квантів, поглинутих фітохромною системою, може повністю визначити параметри росту всього стебла, формування репродуктивного періоду.
