Окремі етапи такої складної функції рослинного організму, як дихання, здійснюються в різних компартаментах рослинної клітини. Відповідно й розподіляються відповідні ферменти, які активують біохімічні реакції на певних його етапах. Так, у цитоплазмі зосередження ферменти, що каналізують процес гліколізу і пентозофосфатного шляху. Ферменти циклу Кребса локалізовані, в основному, в матриксі мітохондрій, а дихального ланцюга – у внутрішній мембрані мітохондрій. Локалізація ферментних систем, їхній якісний і кількісний склад має чи не найважливіше значення серед ендогенних механізмів регуляції дихання.
