У здатності рослин розпізнавати чергування дня і ночі вирішальну роль відіграє фітохромна система. Прикладом роботи такої системи є ритм цвітіння у рослини Pharbitis nil. Цвітіння у цієї рослини залежить від довжини світлового дня: якщо день коротше певного інтервалу, то рослина цвіте, якщо довше — вегетує.
Протягом доби умови освітлення змінюються через те, що сонце знаходиться під різними кутами до горизонту, і відповідно змінюється спектральний склад світла, що сприймається різними фітохромами які збуджуються світлом з різною довжиною хвилі. Так, увечері в спектрі багато далеких червоних променів, які активізують тільки фітохром А, даючи рослині сигнал про наближення ночі. Отримавши цей сигнал, рослина вживає відповідних заходів. Важливість фітохромів для температурної адаптації було з'ясовано під час дослідів з трансгенними осиками Populus tremula, у яких продукція фітохрому А була підвищеною. Рослинам постійно «здавалося», що вони отримують світло високої інтенсивності, і таким чином вони не могли адаптуватися до добових коливань температури і страждали від нічних заморозків.
