Відомим систематизатором середньовічної схоластики був Фома Аквінський (1225-1274 рр.), який пристосував вчення Арістотеля до католицизму. Найвідомішим його твором є “Сума теології”.
За часів Ф.Аквінського значно зросла роль наукового і філософського пізнання. Тому було вже неможливо ігнорувати і не помічати досягнення розуму і науки. Аквінський намагався створити таку доктрину, яка б дала можливість контролювати філософське і наукове пізнання церквою.
Ще у попередні століття західноєвропейськими схоластами була висунута теорія “двох істин”. Згідно з даною теорією наука і пов'язана з нею філософія здобувають знання, спираючись на досвід і розум. На відміну від них, теологія здобуває істину в божественному одкровенні. Таким чином, теорія “двоїстої істини” поділила, так би мовити, сфери впливу між теологією і наукою. Божественне одкровення, вважали представники цієї теорії, недоступне розуму.
Фома Аквінський чітко визначає сферу науки і віри. Завдання науки полягає у поясненні закономірностей світу. Але хоч наукове знання об'єктивне та істинне, воно не може бути всеосяжним. Є така сфера дійсності, яка недоступна розумовому пізнанню, а тільки вірі. Отже, предметом філософії є “істини розуму”, предметом теології — “істини Одкровення”.
Ф.Аквінський вважав, що можна довести буття Бога і запропонував п'ять доведень, які стали класичними у західноєвропейській теології:
1. Оскільки все в світі рухається, то має бути “першодвигун”, або “першопоштовх” руху — Бог.
2. Всі явища і предмети мають причину свого виникнення та існування. Першопричиною усього є Бог.
3. Все в світі існує не випадково, а з необхідністю. Ця необхідність — Бог.
4. Всі речі мають різні ступені досконалості. Тому повинно існувати абсолютне мірило досконалості — Бог.
5. У природі все має певний сенс, доцільність свого існування. А, значить, повинна існувати “остання” і головна ціль — Бог.
Проте, деякі інші догми християнства не піддаються раціоналістичному обгрунтуванню (догма про Трійцю, про втілення Христа, про воскресіння з мертвих). Це неможливо зробити не тому, що вони протирозумні, ірраціональні, а тому саме, що вони “надрозумові”, їх доведення не в змозі здійснити обмежений людський розум. Більшість догм християнства є предметом теології, а не філософії:
Хоча Ф.Аквінський і підпорядковує науку релігії, але розмежувавши сфери їх застосування, він відкрив певні можливості і для розвитку наукового знання.
