Гераклітові належить філософський прозовий твір «Про природу» (не плутати з однойменною працею Анаксімандра). Відомо, що його праця поділялася на три частини: "Про космос" (всесвіт), "Про державу", "Про бога". Виклад думок у цьому творі затемнений стилістично загадковістю, тому ідеї його не цілком чіткі, темні (недарма Геракліта називали «темним»). Проте мова Геракліта, на відміну від Анаксімена, проста й невимушена, багата метафорами і порівняннями, значно міфологізована. Дослідники відзначають, що у Геракліта міфології більше, ніж у мілетських філософів.
У вченні Геракліта основою наук вважається логос. Саме Геракліт вперше вводить у філософську термінологію це поняття, яке у нього означає загальний закон буття, основу світу. Геракліт стверджує: все здійснюється за логосом, який є вічним, загальним і необхідним; вища мета пізнання — пізнання логоса, а разом з тим пізнання вищої єдності світобудови і досягнення вищої мудрості, бо ознака мудрості — здатність погодитися з твердженням логосу, що все єдине. При цьому Геракліт вказує, що пізнання логосу та мудрості дається не всім, хоча всі люди від природи розумні.
Розуміння логосу як об'єктивного закону світобудови, як принципу порядку і міри приводить Геракліта до відкриття субстанційно-генетичного начала всього існуючого у вогні. Вогонь у Геракліта є не тільки те, що лежить в основі всього існуючого, але й те, з чого все виникає. «Все існуюче, — вказує Геракліт, — завжди було, є і буде вічно живим вогнем, який з часом то спалахує яскравіше, сильніше, то згасає». Логос у Геракліта — це закон Всесвіту. Згідно з цим законом, все абсолютно змінне, у світі нічого не повторюється, все минуще і одноразове — «все тече».
Геракліт — один із перших філософів, хто помітив, що одне й те саме є водночас відмінне і навіть протилежне. Він вказував, що суттєва зміна — це зміна в свою протилежність, що одна протилежність виявляє цінність іншої, а суперечливість зближує протилежності. Гераклітівський вогнелогос притаманний не тільки всій світобудові, а й людині, її душі. Душа має при цьому два аспекти: речово-натуральний і психічно-розумовий. Завдяки тому, що душа вогняна, вона має самозростаючий логос. У соціальній філософії Геракліта закладаються основи демократії. Він підкреслює, що народ у державі вище за все і має ставити закон, він має боротися за нього, як за свій власний дім. Це необхідно робити тому, що всі людські закони живляться від єдиного божественного закону — логосу.
