Местные административные реформы 1775—1785 гг., упразднение большинства коллегий, общее реакционное направление в политике абсолютизма — все это вызвало значительные изменения в высшем и центральном государственном аппарате России.
Значение Совета при высочайшем дворе в этот период значительно возросло. Он превратился в высший совещательный и распорядительный орган государства по всем вопросам не только внешней, но и внутренней политики.
В первые два года правления Павла I Совет продолжал оставаться важнейшим органом государства. Крайние централизаторские тенденции абсолютизма Павла вскоре отразились и на Совете; число заседаний его стало падать. В конце правления Павла Совет превратился в совещательное учреждение, рассматривавшее второстепенные и малозначительные дела. С 21 декабря 1800 г. Совет не собирался вообще.
Местная реформа 1775 г. и связанное с ней значительное расширение прав и компетенции местных чиновников и учреждений вызвали упразднение большинства коллегий, контор и канцелярий. К концу 80-х годов сохранились только три «государственные» коллегии: Военная, Адмиралтейская и Иностранных дел. Не успела сдать дела до правления Павла I Коммерц- коллегия. С 1782 г. как самостоятельное центральное ведомство обособился Почтовый департамент, ранее входивший в состав Сената.
Дела упраздняемых коллегий, контор и канцелярий передавались местным учреждениям. Для руководства отдельными отраслями управления в составе Сената были созданы экспедиции. Экспедиция о государственных доходах наследовала распорядительные функции Камер- и Берг- коллегий, о государственных расходах — Штатс-конторы, о свидетельстве счетов — Ревизион- коллегии, о государственных недоимках — Канцелярии конфискации. В состав Сената вошли также штатные казначейства в Петербурге и Москве — кассы, заведовавшие приемом, хранением и распределением денежных средств всего государства.
В 1794 г. межевая экспедиция Сената была преобразована в Межевой департамент, заведовавший межеванием в России и разбором межевых тяжб. Входя в состав Совета, все эти учреждения подчинялись не департаментам его, а генерал-прокурору; в его же ведении находились Почтовый департамент, Ассигнационный банк и формально Тайная экспедиция.
Таким образом, генерал-прокурор превратился в своеобразного министра по делам внутреннего управления, соединяя в своем лице звание министра юстиции, финансов, государственного казначейства и государственного контроля.
С генерал-прокурором сносились наместники; ему же подчинялся аппарат местной прокуратуры:
Значение Сената резко упало. Он перестал быть органом, осуществлявшим общее руководство государственным аппаратом и всей политикой государства; его департаменты превратились в основном в высшие судебные инстанции.
Огромный канцелярский аппарат Сената действовал вяло и нерешительно. Генерал- прокурор имел право изъять из департамента любое дело и передать его в свою канцелярию, являющуюся связующим звеном со всеми подведомственными поднадзорными учреждениями и совмещавшую в себе функции почти всех будущих министерств.
В течение 28 лет (с 1764—1792 гг.) генерал-прокурором оставался князь А. А. Вяземский, пользовавшийся особым доверием Екатерины II.
В 1796 г. Павел I провел централизацию управления государством. Должности слишком самостоятельных в своих действиях наместников были ликвидированы, а вместо них в центре восстановлены некоторые коллегии. Президент коллегии был «директором над коллегией» и получил право личного доклада царю, а также известную самостоятельность в действиях от членов коллегии.
Одновременно началось формирование новых ведомств; в 1797 г. казначейские экспедиции Сената были выделены из ведения генерал-прокурора и подчинены казначею графу Васильеву. Глава Коммерц-коллегии князь Гагарин стал именоваться министром.
«Учреждением о императорской фамилии» для заведования землями и крестьянами, принадлежащими царской фамилии, было создано центральное ведомство — Департамент уделов. Из доходов, собираемых Департаментом уделов, члены царской фамилии получали ежегодно денежные средства. Департамент возглавлялся министром уделов.
Возникновение должностей министров мало отражалось на центральных учреждениях; их внутренняя организация и делопроизводство оставались коллегиальными.
Значение Сената совершенно пало. Павел перестал интересоваться его делами, сносясь во всем только с генерал-прокурором.
Особое место в государственном аппарате Российской империи продолжала занимать Тайная экспедиция Сената. Являясь структурной частью Сената, Тайная экспедиция представляла собой в эти годы вполне самостоятельное учреждение с личным докладом ее начальника Екатерине II, а затем Павлу I.
В процессе военного подавления Крестьянской войны летом — осенью 1774 г. были созданы секретные следственные комиссии в Оренбурге (с отделением в Яицком городке), Казани, Царицыне, Уфе и Симбирске. В этих комиссиях, возглавляемых царскими полковниками и генералами, допрашивались захваченные в плен руководители народного движения. Все эти секретные комиссии были связаны с Тайной экспедицией.
Осенью 1774 г. материалы всех секретных комиссий поступили в Москву, куда было переведено и «присутствие» Тайной экспедиции.
При Павле I в казематы Тайной экспедиции попадали нередко опальные вельможи, чиновники, офицеры.
Тайная экспедиция официально была упразднена указом Александра I 2 апреля 1801 г.
Уже с середины века началось падение роли Кабинета. В 1763—1764 гг. Кабинет перестал быть государственным органом, превратившись в учреждение, заведовавшее личным имуществом императрицы. В ведении Кабинета находилось хранилище личных коллекций произведений искусств Екатерины II — Эрмитаж.
Со времени правления Екатерины II ведет свое начало личная канцелярия носителя абсолютной власти; она зародилась в лице статс-секретарей, функции которых выделялись из Кабинета. В 1763 г. «для отправления собственных ее императорского величества дел» был определен особый чиновник — статс-секретарь.
При Павле I личная канцелярия царя, получившая впоследствии наименование «Собственной его императорского величества канцелярии», окончательно сложилась. В нее поступали заслужившие внимания царя мемории Сената, прошения, жалобы и другие документы.